Фамилия Айдакова — одна из тех, что хранят в себе отголоски кочевой степи и татарской речи. Её основа — прозвище Айдак, которое напрямую связано с понудительным окриком «айда» или «гайда» («иди скорей», «ступай», «погоняй»). С этой короткой команды начиналось движение всадников, погонщиков и воинов.

Точное значение прозвища зависит от того, кто и за что его получил. Есть две версии, и обе правдоподобны. Первая — социальная: Айдаком могли назвать нойона или старшего в татаро-монгольском отряде, который распоряжался пленными и окриком задавал темп. Вторая — бытовая: в астраханских и казанских говорах бытовало выражение «ехать айдаком» — скакать без седла, на голой лошади. Значит, прозвище могло закрепиться за лихим наездником, который не боялся ездить безо всякого снаряжения.

Модель образования фамилии проста: к основе Айдак добавили типичный русский суффикс -ов, а затем и женское окончание -а. Такая схема характерна для фамилий, которые складывались в XVI–XVII веках, когда тюркские имена и прозвища адаптировались под русскую грамматику. Мужской вариант — Айдаков, женский — Айдакова.

По своему типу фамилия относится к древнейшим восточным. Она не дворянская и не крестьянская в привычном смысле — её носителями могли быть как служилые татары, перешедшие на русскую службу, так и вольные степняки, осевшие в Поволжье. Географически фамилия встречается в Татарстане, Башкортостане, а также в Астраханской и Оренбургской областях — то есть в зоне давних тюрко-славянских контактов.

Ударение в фамилии падает на второй слог: Айда́кова. Встречаются варианты написания через «г» — Гайдаков, но это уже отдельная фамилия с той же смысловой основой.