Фамилия Айдакин — редкий случай, когда прозвище или имя, лёгшее в основу, почти наверняка имеет тюркское происхождение. Корень «айда» в тюркских языках (татарском, башкирском, казахском) означает «гони», «погоняй» или является повелительной формой глагола «гнать». Соответственно, Айдак или Айдака — это прозвище, которое могли дать человеку по характеру (настойчивому, «гонящему» дело) либо по роду занятий (погонщику скота, возчику).

Суффикс «-ин» указывает на принадлежность: Айдакин буквально значит «сын Айдаки» или «из рода Айдаки». Такая модель типична для русских фамилий, образованных от прозвищ и имён, оканчивающихся на гласный или мягкий согласный. Если бы основа звучала как Айдак, фамилия, скорее всего, приняла бы форму Айдаков. Форма на «-ин» — дополнительный аргумент в пользу того, что исходное имя было именно Айдака.

Географически фамилия тяготеет к зонам русско-тюркского пограничья — Поволжью, Приуралью, югу Сибири. Встречается она нечасто, что говорит о локальном бытовании: скорее всего, предок-Айдакин жил в одном селе или уезде, и фамилия не получила широкого распространения по стране.

В ономастических справочниках фамилия Айдакин не описана столь же подробно, как массовые (Иванов, Смирнов), но её структура прозрачна. Единственный спорный момент — не стоит путать её с фамилией Айдаров, где корень «айдар» означает «чуб» или «достоинство». Айдакин — это про действие, про «гонщика» или «погонщика», а не про внешность или титул.