Фамилия Айдаркин — наглядный пример того, как прозвище, данное по внешнему признаку или роду занятий, закрепилось в родовом имени. Основа здесь — слово «айдар». Владимир Даль в своём словаре указывает, что айдар — это «круглая казачья стрижка под чуб». Такой чуб носили запорожские и донские казаки, оставляя длинный клок волос на выбритой голове. Соответственно, прозвище Айдарка мог получить человек, носивший такую причёску, либо, что не менее вероятно, цирюльник, который эту стрижку делал. В обоих случаях прозвище точно и ёмко описывало человека.

Суффикс -к- в прозвище Айдарка — уменьшительный, но в народной среде он часто не столько уменьшал, сколько указывал на конкретного носителя признака. Фамилия образована по русской патронимической модели с суффиксом -ин: Айдаркин — «чей?» — сын или потомок Айдарки. Эта модель типична для фамилий, образованных от прозвищ, оканчивающихся на -а или -я.

Существует и другая версия: происхождение от тюркского или арабского имени Айдар (вариант имени Хайдар, означающего «лев»). Однако в этом случае фамилия, скорее всего, приняла бы форму Айдаров — по тюркской модели с суффиксом -ов/-ев. Форма Айдаркин с русским суффиксом -ин указывает на то, что в основе лежит именно славянское прозвище, а не восточное имя. Поэтому версия с казачьей стрижкой выглядит значительно убедительнее.

Фамилия Айдаркин редкая. Её носители встречаются в Поволжье и в некоторых казачьих областях, что косвенно подтверждает связь с казачьим бытом и традицией носить айдар.