Фамилия Айдарукова — женская форма фамилии Айдаруков, и её происхождение, скорее всего, связано с тюркскими языками. Основа «Айдар» (или «Айдар») в тюркском именослове имеет два основных значения. Первое — «луна», «месяц», что в именах часто символизировало красоту, свет или удачу (ср. Айдар — «лунный»). Второе, не менее распространённое, — «чуб», «хохол», «косичка»: у многих тюркских народов так называли прядь волос, которую оставляли на бритом темени мальчика. Имя Айдар в этом смысле могло быть оберегом или указанием на внешность.

Суффикс «-уков» в фамилии Айдаруков — редкий и показательный. В отличие от массовых «-ов» и «-ев», формант «-ук» (в родительном падеже «-уков») характерен для украинской и белорусской ономастики, а также для некоторых регионов Северного Кавказа и юга России. Он указывает на принадлежность: Айдаруков буквально значит «сын (или потомок) Айдарука». Айдарук — это уже уменьшительно-ласкательная форма от имени Айдар, то есть «маленький Айдар» или «Айдар-младший». Таким образом, фамилия прошла двухступенчатую модель: личное имя → патроним с суффиксом «-ук» → фамилия с русским окончанием «-ов».

Географически фамилия Айдарукова чаще всего встречается среди кубанских казаков, черкесов (адыгов), а также у народов Дагестана, где имя Айдар распространено. Скорее всего, предок носителя фамилии был человеком по имени Айдар, которого в быту звали Айдаруком (может, за характерный чуб или за то, что был младшим в семье), а его дети уже записались как Айдаруковы. Сословная принадлежность могла быть разной: от крестьян до казаков, но в любом случае фамилия указывает на южный, степной или предгорный регион.

Встречается и вариант написания через «о» — Айдарокова, но это уже следствие диалектного «аканья» или ошибок в документах. Правильная историческая форма — через «у».