Фамилия Айдаруков — одна из тех, что построена по тюркско-русской модели, но с редким суффиксом. В основе лежит личное имя Айдар (Айдар), широко распространённое у башкир, татар, казахов и других тюркских народов. Означает оно «лунный», «светлый», а в переносном смысле — «красивый, как луна», «видный». В русских документах имя фиксировали с XVI века, особенно в среде служилых татар и башкир, переходивших на русскую службу.

Примечателен суффикс -уков. Стандартная русская патронимическая модель для тюркских имён — это -ов/-ев: Айдаров. Но здесь мы видим -уков, что встречается реже. Такая форма могла возникнуть из-за особенностей местного произношения (например, в некоторых говорах «Айдар» давало «Айдарук» через уменьшительную или прозвищную форму) или под влиянием фамилий на -ук/-юк, характерных для украинской и белорусской ономастики. Впрочем, для фамилий Поволжья и Приуралья, где тюркское население веками соседствовало с русским, такой гибрид — явление возможное: основу взяли тюркскую, а суффикс адаптировали по местной модели.

Географически фамилия Айдаруков тяготеет к Башкортостану, Оренбургской и Челябинской областям. Встречается и у русских, и у башкир, и у татар. Это говорит о том, что предки носителя фамилии, скорее всего, были не просто людьми с именем Айдар, а имели прозвище Айдарук — возможно, так в быту звали младшего сына или человека с заметной внешностью. Сословной привязки нет: Айдаруковы могли быть и крестьянами, и казаками, и мещанами. Точных исторических сведений о конкретных знатных родах с такой фамилией нет, что указывает на её народное, а не дворянское происхождение.