Фамилия Айдаркина — женская форма от Айдаркин. В основе лежит тюркское имя Айдар. У тюркских народов словом «айдар» называли чуб или оселедец — прядь волос, которую оставляли на бритой голове. Такое имя давали мальчику, если хотели, чтобы он рос сильным и заметным, как этот отличительный знак.

В русской среде имя переосмыслили. Уменьшительно-ласкательный суффикс -к- превратил Айдара в Айдарку. Затем по стандартной модели притяжательных прилагательных возникла фамилия Айдаркин — буквально «сын Айдарки». Суффикс -ин указывает на принадлежность, и эта модель была одной из самых распространённых в русских фамилиях, особенно среди крестьян и мещан.

Фамилия не получила широкого распространения и тяготеет к регионам с сильным тюркским субстратом: Поволжье, Приуралье, юг Сибири. Встречается и у русских, и у крещёных татар, и у башкир — граница между этносами в таких фамилиях размыта. Не стоит путать Айдаркина с фамилией Айдарханов: там другой суффикс (-ханов) и иная социальная окраска, указывающая на знатное происхождение. Айдаркин же — фамилия крестьянская или мещанская, что типично для прозвищных имён, попавших в официальные документы.

Корень «айдар» встречается и в топонимах: река Айдар в Башкортостане, село Айдар в Белгородской области. В редких случаях фамилия могла возникнуть не от имени, а от прозвища по месту жительства — «Айдаркин» как выходец из села Айдар. Но основная версия надёжнее: уменьшительная форма Айдарка фиксируется в переписных книгах XVII века. Фамилия сохранила архаичное ударение на втором слоге — Айда́ркин, хотя в разговорной речи оно нередко смещается на первый.