Фамилия Айдаркина — женская форма от Айдаркин, а та, скорее всего, образована от имени Айдарка. Это уменьшительно-ласкательный вариант тюркского имени Айдар. В основе лежит слово «айдар» — так у тюркских народов называли чуб или оселедец, прядь волос, которую оставляли на бритой голове. Имя Айдар давали мальчику, если хотели, чтобы он рос сильным и заметным, как этот отличительный знак. В русской среде имя переосмыслили: суффикс -к- превратил его в Айдарку, а затем по стандартной модели притяжательных прилагательных возникла фамилия Айдаркин — «сын Айдарки».

Интересно, что фамилия не получила широкого распространения и тяготеет к регионам, где исторически был силён тюркский субстрат: Поволжье, Приуралье, юг Сибири. Встречается она и у русских, и у крещёных татар, и у башкир — граница между этносами в фамилиях такого типа размыта. Не стоит путать её с фамилией Айдарханов: там другой суффикс (-ханов) и иная социальная окраска, указывающая на знатное происхождение. Айдаркин же — фамилия, скорее, крестьянская или мещанская, что типично для прозвищных имён, попавших в официальный документ.

Корень «айдар» встречается и в топонимах: река Айдар в Башкортостане, село Айдар в Белгородской области. В редких случаях фамилия могла возникнуть не от имени, а от прозвища по месту жительства: «Айдаркин» — выходец из села Айдар. Но основная версия — именная, и она надёжнее, потому что уменьшительная форма Айдарка фиксируется в переписных книгах XVII века. Фамилия сохранила архаичное ударение на втором слоге — Айда́ркин, хотя в разговорной речи нередко смещается на первый.