Фамилия Айдунбеков — редкий случай, когда тюркское имя и арабский титул слились в одной основе. Её разумнее разбирать не с корня, а с модели образования: здесь работают два компонента — личное имя Айдунбек и русский патронимический суффикс -ов.

Имя Айдунбек составное. Первая часть — «Айдун» (варианты Айдын, Айтун), что в тюркских языках означает «светлый», «лунный», «ясный» или «просвещённый». Вторая часть — «бек» (бей, бий), древний тюркский титул, обозначающий князя, господина или военного предводителя. Вместе имя можно перевести как «светлый господин» или «сияющий бек». Это типичная для мусульманских народов Кавказа и Средней Азии модель, где к имени прибавляли социальный маркер.

Фамилия Айдунбеков образована по классической русской схеме: к основе Айдунбек добавили суффикс -ов, означающий «сын» или «принадлежащий». Так в XIX — начале XX века, при активном взаимодействии с Российской империей, многие тюркские и кавказские фамилии русифицировались. Носитель фамилии — потомок человека, которого звали Айдунбеком.

Географически фамилия тяготеет к регионам, где распространены азербайджанский, кумыкский, лезгинский или дагестанские языки. Встречается у народов, где титул «бек» был частью социальной иерархии, а имя Айдун нередко давали в честь ясности характера или внешности. Сословно предки могли быть из уважаемых семей, но не обязательно из высшей знати: «бек» в бытовом употреблении мог означать просто «господин» или «уважаемый человек».

Однокоренные фамилии — Айдунов, Айдынбеков, Беков — показывают, что компоненты могли сокращаться или меняться местами. Но Айдунбеков сохранил полную форму, что делает её более архаичной и точной. В написании возможны варианты с одной «н» (Айдубеков), но основной вариант — с двумя, так как имя Айдун исторически фиксируется с удвоенной «н» в тюркских источниках.

В современной России фамилия встречается нечасто, в основном в Дагестане, Чечне и среди азербайджанцев. Известных носителей с громкой исторической биографией в открытых источниках нет — фамилия остаётся скорее семейным маркером, чем публичным именем.