Фамилия Айдуев — один из тех случаев, когда за привычным русским окончанием скрывается нерусская, скорее всего тюркская, основа. Суффикс -ев указывает на то, что фамилия формировалась в русской языковой среде по стандартной модели «чей?» — то есть «сын Айдуя» или «человек из рода Айдуя». Сама основа Айдуй — это русифицированная форма тюркского имени или прозвища.

Самая вероятная версия возводит Айдуя к тюркскому слову «айду» или «айт» — «скажи», «говори». В таком случае прозвище Айдуй мог получить красноречивый человек, вестник, глашатай или, наоборот, болтун. В татарском, башкирском и казахском языках есть имена с корнем «ай» (луна, месяц), но здесь скорее работает глагольная форма: «айт» + русский суффикс -уй, что даёт значение «сказитель» или «приказывающий».

Менее распространённая, но допустимая гипотеза — связь с этнонимом «айду» или «айда», которым в некоторых тюркских диалектах называли народности на Алтае или в Саянах. Тогда фамилия могла указывать на происхождение предка из определённой местности или племени. Однако эта версия слабее, так как в русских документах фамилия Айдуев встречается прежде всего в Поволжье и на Урале — в регионах расселения татар и башкир, где личные имена на -уй были обычны.

Географически фамилия редкая, но не единичная: её носители известны в Оренбургской области, Башкортостане и Татарстане. Встречается также вариант написания Айдуев (с ударением на второй слог) — это типичная адаптация тюркского имени под русскую орфографию, где гласный «у» в безударной позиции мог записываться как «ю» (Айдюев), но закрепился именно с «у».

По сословной принадлежности предки Айдуевых, скорее всего, были государственными или ясачными крестьянами, реже — служилыми татарами. Дворянских родов с такой фамилией в дореволюционных родословных книгах не зафиксировано, что косвенно подтверждает её «низовое» происхождение: прозвище дали в деревне, а не в боярской среде.