Фамилия Айдубаев звучит на слух как типичная тюркская фамилия, и это верное первое впечатление. Её основа — личное имя Айдуба, которое состоит из двух тюркских компонентов: «ай» (луна) и «дуба» или «туба» (молитва, просьба, а в некоторых диалектах — «стоять», «останавливаться»). Самая вероятная версия: имя Айдуба означало «лунная молитва» или «молящийся луне» — не в языческом смысле, а как поэтическое именование, данное ребёнку, родившемуся в ясную лунную ночь, когда совершалась молитва. В тюркской ономастике компонент «ай» часто указывает на красоту, свет, удачу, а «дуба» (от арабского «дуа») — на обращение к Богу, так что имя могло быть пожелательным: пусть дитя будет чистым и благословенным, как лунный свет.

Суффикс -ев в конце фамилии — это русский патронимический формант, который добавили при оформлении фамилии по русской модели в XIX — начале XX века. То есть Айдубаев — это буквально «сын Айдубы». Такое оформление характерно для тюркских народов, живших в контакте с русским населением: башкир, татар, казахов, ногайцев. Фамилия могла возникнуть в среде служилых татар или башкир, которые после принятия православия или при получении официальных документов получали фамилии по отцу с русским окончанием.

Географически фамилия Айдубаев сегодня встречается преимущественно в Башкортостане, Татарстане, Оренбургской и Челябинской областях, а также в Казахстане. Это указывает на её происхождение из зоны расселения башкирских и татарских родов. В дореволюционных метрических книгах и ревизских сказках фамилия могла писаться как Айдубаев, Айтубаев или Айдубай — в зависимости от диалекта и грамотности писаря. Вариант с «д» вместо «т» (Айдубай вместо Айтубай) — не ошибка, а отражение звонкого произношения в некоторых тюркских говорах.

Социальный контекст: носители фамилии в XVIII–XIX веках были, скорее всего, государственными или ясачными крестьянами, реже — казаками. Айдубаевы не принадлежали к княжеским или мурзинским родам, их фамилия — типичная «народная», образованная от личного имени, без указания на знатность. Это не умаляет её ценности: она прямо говорит о том, что предок нёс имя, связанное с небом и верой, а сама фамилия сохранила память о тюркском обычае давать детям имена по обстоятельствам рождения.