Фамилия Алтынгужина — женская форма, образованная от мужской Алтынгужин. Чтобы понять её корни, достаточно разобрать исходное составное имя Алтынгужа. Первая часть, «алтын», по-тюркски значит «золото». Вторая часть — «гужа» — восходит к тюркскому «кужа» или «хужа»: хозяин, господин, владелец. Складывается картина: «золотой хозяин» или «золотой господин». Такие имена в пожелательном смысле — чтобы ребёнок вырос богатым и уважаемым — давали у башкир, татар и других тюркских народов Поволжья и Урала.

Русское оформление фамилии пошло через суффикс -ин, а не через более привычные -ов или -ев. Это стандартный путь для тюркских основ, оканчивающихся на мягкий согласный или -а/-я: «Алтынгужа» → «сын Алтынгужи» → Алтынгужин. Женская форма, соответственно, получается заменой окончания на -а. Такой способ адаптации особенно характерен для Башкортостана, Татарстана и Оренбуржья — именно там фамилия встречается чаще всего.

Мужская форма Алтынгужин, скорее всего, закрепилась в документах XIX века во время переписей населения. Тогда крестьянам или военным сословиям записывали фамилию по отцу. Иногда в записях попадается вариант Алтынгузина — с заменой «ж» на «з». Это могло произойти из-за местных особенностей произношения или ошибок писарей, но исходный корень именно «гужа», а не «гузя».

По социальному происхождению носители фамилии, вероятнее всего, относились к башкирским или татарским крестьянам. Если прозвище «золотой хозяин» закрепилось за зажиточным родом, возможна и купеческая ветвь, но точных данных без генеалогического поиска по конкретному региону нет.

Фамилия редкая: в современных базах данных по России её носители исчисляются единицами, в основном в Башкортостане и Челябинской области. Для семейной истории это плюс: каждый старый документ или устное предание может стать решающей зацепкой в восстановлении родословной.