Фамилия Алтышкин образована от прозвища Алтышка, в основе которого лежит тюркское слово «алтыш». Изначально алтышом называли монету в шесть рублей, а позже — любые мелкие деньги. Поэтому предок носителя фамилии мог быть чеканщиком монет или торговцем. Есть и вторая версия: прозвище Алтышка могли дать бедному или скупому человеку — тому, кто постоянно считал каждую копейку.

Фамилия стоит в ряду «денежных» прозвищ, таких как Грошов, Полушкин, Денежкин. Суффикс -ин указывает на принадлежность: Алтышкин буквально означает «сын или потомок Алтышки». Такая модель типична для русских фамилий, образованных от прозвищ на -а/-я.

Распространение фамилии в основном связано с южнорусскими и поволжскими регионами, где тюркские заимствования встречались особенно часто. Встречаются варианты написания Алтышкин и Алтышкины — последняя форма указывает на семейную династию или род.

Окончательно говорить о точном времени и месте происхождения фамилии можно лишь на основании генеалогических исследований, но ясно одно: прозвище Алтышка было достаточно ярким, чтобы закрепиться за человеком и передаться потомкам в виде фамилии.