Фамилия Альягьюнова — редкий случай, когда написание почти полностью расходится с привычными для русского уха моделями. Перед нами фамилия, которая почти наверняка не славянская по корню, а пришла в русский язык из тюркских языков, пройдя через механизмы русской грамматики.

Разложим её по частям. Основа «Альягьюн» — это искажённое или записанное на слух тюркское имя или прозвище. Скорее всего, в основе лежит арабское имя «Али» (высокий, возвышенный) в сочетании с тюркским словом «агьюн» или «аюн». В тюркских языках «аюн» (или «агын») может означать «течение», «поток», а в переносном смысле — «обильный», «щедрый». Таким образом, исходное прозвище могло значить «обильный Али» или «Али-поток» — метафора щедрости или бурного нрава.

Фамилию оформили по русскому образцу: к основе добавили суффикс «-ов», который в русской ономастике указывает на принадлежность («чей?» — Альягьюнов). Окончание «-а» — это женский род (Альягьюнова). Мужской вариант — Альягьюнов. Такую модель часто использовали, когда фиксировали фамилии нерусских народов в документах Российской империи: писарь записывал имя отца или прозвище на слух и добавлял типовой суффикс.

Географически фамилия с таким составом звуков тяготеет к регионам, где смешивались тюркские и русские традиции: Северный Кавказ, Поволжье, Закавказье. Встречается она крайне редко, что говорит о том, что родоначальник, вероятно, был выходцем из конкретного аула или села, а фамилия закрепилась за одной семьёй без массового распространения. Носители фамилии Альягьюнова — это потомки человека, чьё личное имя или прозвище было записано русскими чиновниками с неизбежными для того времени фонетическими искажениями.