Фамилия Алыгнаев — из тех, что не найдёшь в массовых словарях русских фамилий, и это не случайно. Перед нами фамилия, возникшая в иноязычной среде, но оформленная по русской модели. Суффикс -ев — стандартный для русской ономастики способ образования от имени или прозвища отца. Вопрос в основе: Алыгнай.

В тюркских языках (татарском, башкирском, казахском) есть корень «алып» (богатырь, герой) или «ал» (передний, главный). Вторая часть, «най», может быть уменьшительно-ласкательным аффиксом. Скорее всего, Алыгнай означало «маленький богатырь» или «славный герой» — прозвище, данное ребёнку или невысокому, но сильному мужчине. Менее вероятная версия возводит основу к тюркскому «алыг» (взятка, мзда) или «алыгнау» (вымогать), но в антропонимии «героические» имена встречаются гораздо чаще «отрицательных», поэтому первая версия предпочтительнее.

Географически фамилия почти наверняка привязана к Поволжью, Приуралью или Сибири — там, где исторически жили тюркские народы, а затем их фамилии русифицировались. Носители могли быть крещёными татарами, башкирами или чувашами. Сословная принадлежность, скорее всего, крестьянская или мещанская, без привязки к дворянству.

Уникальность фамилии в том, что её корень не имеет славянских параллелей, а сама она почти не встречается в центральной России. Если вы носите фамилию Алыгнаев, ваши предки, вероятно, жили на востоке европейской части страны или за Уралом, а их родовая память уходит в тюркскую степь, где имя «Алыгнай» когда-то звучало как пожелание силы и удали.