Фамилия Амаланий — редкая, и её происхождение не лежит на поверхности. Первое, что бросается в глаза, — это окончание -ий, которое нетипично для исконно русских фамилий. В русской традиции фамилии на -ий обычно имеют церковное или семинарское происхождение (например, Преображенский, Рождественский). Однако в случае с Амаланий мы, скорее всего, имеем дело не с искусственной семинарской фамилией, а с адаптацией иноязычной основы.

Самая вероятная версия — румынское или молдавское происхождение. В румынском языке существует слово «amălan» (амалэн), означающее «горький», «терпкий», или же «amăreală» — горечь. Фамилия могла возникнуть как прозвище человека с горькой судьбой, угрюмого нрава или, напротив, того, кто занимался сбором горьких трав. Окончание -ий в таком случае — результат русификации: молдавская фамилия Амалану или Амалане при переходе в русскую среду получила типичное для русского уха окончание.

Вторая, менее вероятная гипотеза, связывает фамилию с греческим словом «ἀμαλανός» — мягкий, нежный. В этом случае фамилия могла попасть в русский язык через греческое духовенство или купечество, но фонетически форма «Амаланий» для греческой основы нехарактерна.

Суффикса в фамилии нет — окончание -ий в данном случае не является русским фамильным суффиксом, а выполняет грамматическую роль. Это отличает фамилию от массовых моделей на -ов, -ин или -ский. Аналогов среди распространённых русских фамилий почти нет, что делает Амаланий ярким маркером миграционных процессов: носители фамилии, вероятно, выходцы из Бессарабии или Молдавии, переселившиеся в центральные губернии Российской империи.

Известных исторических личностей с этой фамилией не зафиксировано, что подтверждает её локальный и недворянский характер. Сословно предки, скорее всего, были крестьянами или мещанами. При попытке найти фамилию в архивных документах стоит искать варианты Амалану, Амалан, Амаланов — в зависимости от региона и эпохи написания.