Фамилия Аматунянц — редкий для России пример армянской фамилии, сохранившей окончание -янц, а не более привычное -ян. Это окончание — показатель множественного числа в древнеармянском родительном падеже, и оно указывает на принадлежность к роду или дому: Аматунянц буквально означает «из рода Аматунов» или «принадлежащий к семье Аматун».

Основа фамилии — Аматун. В армянском языке «аматун» переводится как «ремесленник» или «мастеровой человек». Слово происходит от корня «амат» (арм. հմուտ — умелый, искусный) с суффиксом принадлежности -ун. Таким образом, прозвище Аматун давали человеку, который владел каким-либо ремеслом — кузнечным, гончарным, плотницким. Со временем прозвище стало родовым именем, а затем и фамилией.

Форма на -янц (встречается также написание Аматунц) характерна для западных диалектов армянского языка и для фамилий, записанных в Российской империи в XIX веке, когда чиновники часто фиксировали армянские фамилии с окончанием -янц или -ов. В восточноармянском варианте та же фамилия звучала бы как Аматунян.

Географически фамилия Аматунянц чаще всего встречается среди армян, переселившихся в XIX веке из Западной Армении (территории современной Турции) и осевших на Кубани, в Крыму или на юге России. В дореволюционных метрических книгах Екатеринодара и Ростова-на-Дону можно найти записи о мещанах и купцах с этой фамилией — ремесленниках, которые сохранили своё родовое прозвище в диалектной форме. Сословная принадлежность у носителей фамилии была разной: от городских ремесленников до духовенства, но никогда не была крестьянской — в армянской среде фамилии на -янц чаще носили горожане и торговцы.