Фамилия Амаьуни — одна из тех, чья основа не считывается интуитивно ни из одного славянского, тюркского или кавказского корня. Это не результат случайной описки, а, скорее всего, транслитерация или адаптация иноязычной фамилии через кириллицу. Самая вероятная версия: перед нами фамилия армянского происхождения, записанная по-русски с искажением.

Ключ к разгадке — суффикс -уни. В армянском языке он указывает на принадлежность к древнему роду или нахарарскому (княжескому) дому. Классические примеры — Арцруни, Мамиконян, но и более редкие фамилии, как Аматуни, строятся по той же модели. Основа «Ама» может восходить к личному имени Амаяк (арм. «путеводный», «вожатый») или к корню, связанному с понятием «народ» (арм. «амайн»).

Таким образом, Амаьуни — это, по всей видимости, вариант написания фамилии Аматуни, где конечное -т- заменилось на мягкий знак из-за особенностей произношения или неразборчивого почерка при записи. Исторически носители такой фамилии относились к армянскому дворянству, но со временем, после потери княжеских титулов, фамилия закрепилась и у простых ремесленников и крестьян.

Другая, менее вероятная версия — связь с арабским именем Амаль («надежда»), но суффикс -уни нехарактерен для арабской ономастики, что делает армянскую гипотезу основной. Встретить фамилию Амаьуни можно в местах традиционного расселения армян — на юге России, в Краснодарском и Ставропольском краях, а также в среде армянской диаспоры в Москве.