Фамилия Аматуни — одна из древнейших армянских фамилий, принадлежавшая княжескому роду, чьё влияние ощущалось при дворе и на государственном уровне. Само слово «Аматуни» в армянском языке означает имя клана, то есть родовое имя, а не просто прозвище одного человека. В отличие от многих фамилий, возникших из ремесла или отчества, эта сразу указывала на принадлежность к высшей знати.

История рода уходит вглубь веков. Мовсес Хоринаци в «Истории Армении» сообщает, что Аматуни прибыли в Армению во времена царя Арташеса «из восточных краев арийской страны». По одной из версий, они были иудейского происхождения — от некоего Мануке, чей сын, наделённый огромной силой, был назван Самсоном. Позже, при парфянском царе Аршаке, род преуспел в Арийской стране, достиг высоких почестей в краю Ахматана, а уже затем был пожалован Арташесом деревнями в Армении.

Влияние Аматуни было значительным: они ведали финансовыми и налоговыми службами двора, занимались коневодством. Некоторые представители рода даже избирались на армянский трон. Позднее княжеское достоинство подтверждалось документально: грамотой грузинского царя Ираклия II (1784) для Саркиса Азаряна Аматуни с сыновьями и племянником, а затем Высочайшим указом 25 марта 1826 года — для Герасима Сергеевича с сыновьями и Ивана Григорьевича Аматуни.

Что касается происхождения самой фамилии, единого мнения нет. Большинство исследователей склоняются к санскритским корням. Согласно этой версии, фамилия образована от слов «амо» («вознесение») и «тун» («дым, дом, очаг»). Таким образом, в буквальном переводе Аматуни означает «представитель высокого дома», то есть «министр» или «придворный». Есть и альтернативная версия, которую приводит Мовсес Хоринаци: от персидского «амат» («прийти»), что трактуется как «пришелец».

Интересно, что Аматуни входят в число самых первых армянских фамилий, официально закреплённых за высшим светом — вместе с Арцруни, Мамиконянами и Рштуни. Формант «-уни» в этих фамилиях изначально означал «из семьи таких-то» или «из рода таких-то», подчёркивая клановую принадлежность, а не личное качество.