Фамилия Амбони — редкий случай в русском ономастиконе, и её происхождение неочевидно. Скорее всего, перед нами не исконно русская, а заимствованная фамилия, адаптированная к русской среде. Если отбросить вариант случайного или искусственного происхождения (например, изменённая при записи), то наиболее правдоподобных версий две: географическая и итальянская.

Первая версия связывает фамилию с топонимом Амбона — это индонезийский остров и город, в прошлом — голландская колония. Фамилия могла возникнуть у человека, имевшего отношение к этим местам: моряка, купца, служащего Ост-Индской компании, а позже — у потомка выходцев оттуда. В русском контексте это мог быть иностранец на русской службе (например, голландский специалист при Петре I), чья фамилия со временем обрусела и получила окончание -и.

Вторая версия — итальянская. В Италии фамилия Amboni встречается, особенно на севере (Ломбардия, Венето). Она могла произойти от имени Ambone (уменьшительное от Ambrogio, то есть Амвросий) или от прозвища, связанного с амвоном (церковная кафедра) — такое прозвище мог получить церковный чтец или проповедник. В Россию итальянские фамилии попадали через архитекторов, художников и музыкантов, работавших при дворе в XVIII–XIX веках. Фамилия Амбони могла сохраниться в обрусевшей ветви такого рода.

Словообразовательно фамилия стоит особняком. Типичный русский суффикс -ов/-ев или -ин здесь отсутствует, а окончание -и характерно для фамилий польского, украинского или западноевропейского происхождения (ср. Бони, Бартони). Это указывает на то, что фамилия, скорее всего, не образована на русской почве от нарицательного слова, а пришла готовой формой. Встречаемость её в России крайне низкая, что подтверждает версию о единичном или семейном корне.

Таким образом, предки носителя фамилии Амбони с наибольшей вероятностью были либо выходцами из Италии (северные области), либо людьми, чья судьба была связана с далёкими колониями. В любом случае, это фамилия-пришелец, которая прижилась в русском языке, утратив первоначальное ударение и звучание.