Фамилия Амнуэль стоит особняком в русском ономастиконе. Она не вписывается в привычные модели образования от профессий, прозвищ или крестильных имён, и её разбор — скорее работа с библейской и еврейской традицией, чем со славянской морфологией.

Основа фамилии — Амнуэль, вариант библейского имени Эммануил (в русской традиции — Мануил). В переводе с древнееврейского оно означает «с нами Бог». Однако в фамилию это имя перешло не напрямую, а через еврейскую традицию именования, где Амнуэль — один из принятых вариантов произношения и написания. Здесь мы видим главную особенность: это патронимическая фамилия, образованная от личного имени отца или родоначальника. Суффикса -ов или -ин в ней нет, что характерно для фамилий, зафиксированных в документах на идише или иврите в исходной, не русифицированной форме. То есть предок носителя фамилии, скорее всего, сам звался Амнуэлем, и его дети получили фамилию по его имени.

Географически фамилия тяготеет к черте оседлости Российской империи, особенно к территориям современной Беларуси и Украины. Встречается она редко, что указывает на происхождение от одного конкретного рода, а не на массовое присвоение. В отличие от фамилий вроде Абрамович или Беркович, модель Амнуэль не предполагает славянского суффикса, поэтому её носители в метрических книгах могли записываться и как Амнуэль, и как Амнуэльсон (с германским суффиксом «сын»), и как Амнуэлев (с русским суффиксом), если семья жила в среде, где требовалась русификация.

С точки зрения сословной принадлежности — это фамилия мещанская или купеческая. Дворянских родов с такой фамилией не зафиксировано. В современной России и Израиле фамилия сохраняется в основном у потомков тех, кто сумел выехать из местечек в конце XIX — начале XX века. Единственная достоверная версия происхождения — патроним от имени Амнуэль. Альтернативные гипотезы, связывающие фамилию с топонимом, не подтверждаются географическими справочниками.