Фамилия Амоголонов — редкая, с неочевидной этимологией. Её основа — Амоголон — не встречается в списках древнерусских имён или прозвищ, что сразу указывает на иноязычное происхождение. Скорее всего, фамилия образована от этнонима, географического названия или личного имени, принесённого в русскую среду из тюркских или монгольских языков.

Разбор суффикса помогает понять механизм. Фамилия оформлена по русской модели на -ов, что типично для фамилий, возникших в среде крестьян и служилых людей: основу (Амоголон) присоединили к патронимическому суффиксу. Но сама основа — не славянская. Наиболее вероятна связь с этнонимом «монгол» или «могол» (через тюркское посредство). В тюркских языках (например, в казахском, киргизском, татарском) слово «могол» означает «монгол», а приставка «а-» могла возникнуть как протетический звук или искажение в устной речи. Таким образом, Амоголонов буквально означает «сын монгола» или «потомок человека из монгольского рода».

Возможна и версия от личного имени. В некоторых тюркских языках встречается имя Амоголан (вариант Амоголон), которое может восходить к сложению «ама» (народ) и «гол» (рука, сила) — то есть «сила народа». Однако прямых письменных подтверждений этому нет, и версия с этнонимом выглядит убедительнее.

География фамилии сужена. По данным открытых источников, Амоголоновы встречаются преимущественно в Сибири и на Дальнем Востоке России, а также среди бурят и якутов. Это совпадает с ареалом, где исторически смешивались тюркские, монгольские и тунгусо-маньчжурские народы. Носители фамилии, вероятно, происходят из казачьих или крестьянских родов, которые в XVIII–XIX веках несли службу на границах империи или занимались скотоводством и охотой.

В написании фамилии возможна путаница: в метрических книгах и переписях XIX века её могли записывать как Амоголонов, Амоголоновъ, а также Амаголонов. Вариант с двумя «о» (Амоголонов) закрепился, вероятно, из-за акающего произношения в сибирских говорах. Сравнение с однокоренными фамилиями (Моголов, Моголин, Монголов) показывает, что все они редки и привязаны к азиатской части России.