Фамилия Амонходжаева сразу сообщает о среднеазиатских корнях своего носителя. Она построена по типичной для узбекской, таджикской и казахской ономастики модели: к личному имени добавляют компонент «ходжа», а затем — русский патронимический суффикс -ев. В итоге фамилия буквально значит «потомок Амонходжи».

Разберём составные части. Первая основа — «Амон». Это арабское имя, которое означает «безопасность», «спокойствие», «верность». В мусульманской традиции его давали с пожеланием ребёнку мирной и защищённой жизни. Вторая часть — «ходжа» (от персидского خواجه, khâje). В Средней Азии этим словом называли не только духовных лиц или потомков пророка, но и уважаемых купцов, землевладельцев, просто зажиточных и влиятельных людей. В составе фамилии «ходжа» указывает на социальный статус предка: он мог быть знатного происхождения, состоятельным торговцем или религиозным авторитетом.

Имя Амонходжа — сложное двухосновное, его можно перевести как «безопасный/верный ходжа» или «ходжа, дарующий покой». Фамилия Амонходжаева (женская форма; мужская — Амонходжаев) закрепилась за потомками этого человека. Русский суффикс -ев выполняет роль притяжательного окончания, адаптируя восточное имя к русской грамматике. В советское время, при паспортизации, многие носители фамилий с компонентом «ходжа» получили именно русские окончания, чтобы вписаться в общую систему документооборота. Поэтому фамилия Амонходжаева — не просто этнический маркер, а свидетельство того, как в XX веке унифицировали имена и фамилии народов СССР.

Географически фамилия наиболее типична для Узбекистана, Таджикистана и соседних регионов. В России она встречается редко и почти всегда — в семьях, переехавших из Средней Азии.