Фамилия Аманходжаев — показательный пример того, как русский суффикс скрепляет сложную восточную родословную. Её модель проста и типична для фамилий народов Средней Азии и Казахстана, оказавшихся в составе Российской империи и СССР: к мусульманскому имени или прозвищу добавили русский патронимический суффикс -ев (фонетический вариант -ов после мягких согласных). Так имя Аманходжа превратилось в фамилию Аманходжаев, то есть «потомок Аманходжи».

Основа фамилии — составное имя Аманходжа. Первая часть, «Аман», восходит к арабскому корню со значением «безопасность», «мир», «спокойствие». В мусульманской ономастике это имя-оберег: родители желали ребенку благополучной, защищенной от бед жизни. Вторая часть — «ходжа» (персидское «хваджа») — почётный титул, который в Средней Азии носили потомки пророка Мухаммеда (так называемые сайиды) или, шире, уважаемые люди, купцы, духовные наставники. В имени Аманходжа оба компонента складываются в пожелание: «благополучный господин» или «мирный ходжа».

В отличие от многих русских фамилий, которые застывали в XVI–XVII веках, эта — сравнительно поздняя. Она появилась не раньше второй половины XIX века, когда в Средней Азии, после её присоединения к России, начала внедряться практика фиксации фамилий по русскому образцу. До этого люди обходились личным именем и указанием на отца (например, Аманходжа сын такого-то) или на род занятий. Собственно, фамилию Аманходжаев и записывали чиновники при переписях или военных учётах, исходя из имени отца.

Носители фамилии — в основном узбеки, таджики и другие народы региона, где распространены имена с компонентом «ходжа». Встречаются варианты написания — Аманходжаев и Аманходжаев (через «ё»), но ударение в русском языке обычно падает на последний слог: Аманходжа́ев. В самой фамилии нет прямого указания на сословие: «ходжа» в имени предка мог быть и потомственным духовным лицом, и просто уважаемым человеком, купцом или землевладельцем — титул со временем стал частью личного имени и утратил строгую социальную привязку. Однако можно сказать наверняка: предок носителя этой фамилии не был крестьянином-общинником в привычном русском понимании, а принадлежал к слою людей, чей социальный статус выделяли в имени.