Фамилия Амутходжаева — яркий пример того, как русская письменность фиксирует звучание восточного имени. Она образована от мужского личного имени Амутходжа (вариант — Амутходжа), которое, в свою очередь, состоит из двух частей: «амут» и «ходжа». Первая часть восходит к арабскому корню со значением «столп», «опора» (в религиозном контексте — «столп веры»), а вторая — «ходжа» — это широко распространённый в тюркских и иранских языках титул, означающий «господин», «учитель», «наставник» или «владелец». Таким образом, имя Амутходжа можно истолковать как «господин — опора веры» или «столп, подобный господину». Это составное имя подчёркивало высокий социальный или духовный статус его носителя.

Фамилия Амутходжаева — это русифицированная форма отчества. Суффикс -ев (вместо -ов из-за мягкого «ж») указывает на принадлежность: «сын Амутходжи» или «из рода Амутходжи». Такой способ образования фамилий характерен для многих народов Кавказа и Средней Азии, которые в XIX–XX веках вошли в состав Российской империи, а затем СССР. Фамилия не прошла через длительную эволюцию в русской среде, а возникла при документальной фиксации, когда исходное отчество было оформлено по русской модели.

Корни фамилии ведут в Среднюю Азию, скорее всего, в Узбекистан или Таджикистан, где имя Ходжа и его производные (Ходжаев, Ходжаева) чрезвычайно распространены. Компонент «Амут» встречается реже, что делает фамилию Амутходжаева менее частотной, но более конкретной — она могла указывать на принадлежность к определённому роду или местности. Носители фамилии — это потомки людей, носивших имя Амутходжа, которые в советское время получили фамилию по отцу. Окончание -а указывает на женскую форму фамилии; мужской вариант — Амутходжаев.

С точки зрения этимологии, фамилия Амутходжаева несёт в себе двойной культурный слой: арабский (через исламскую религиозную лексику) и тюрко-иранский (через социальный титул). Она не имеет отношения к русским или славянским корням и является ярким свидетельством межэтнического взаимодействия в Российской империи и СССР. Встретить её можно преимущественно в Узбекистане, Таджикистане, а также в диаспорах этих народов в России.