Фамилия Анахатунян — типичный пример армянской фамилии, образованной по модели, которая сложилась в Новое время. Её основа — армянское мужское имя Анахатун (Անահատուն). Имя это составное: первая часть восходит к имени богини Анаит (Անահիտ) — в древнеармянском пантеоне богини-матери, плодородия и мудрости, а вторая — «тун» (թուն) означает «дом» или «род». Таким образом, Анахатун можно перевести как «дом Анаит» или «род Анаит». В средние века такие имена нередко давали в честь божества, чтобы заручиться его покровительством, либо как охранительное имя.

Суффикс -ян (в старой орфографии -յան) — самый распространённый патронимический показатель в армянском языке, аналог русских -ов/-ев или -ин. Он указывает на принадлежность к роду: «из рода Анахатуна», «потомок Анахатуна». В русской передаче фамилия закрепилась в форме Анахатунян, хотя в оригинале ударение может падать на последний слог.

Географически фамилия тяготеет к западным областям исторической Армении, в частности к региону Западной Армении (ныне территория Турции), откуда после геноцида 1915 года многие носители переселились в Восточную Армению, Сирию, Ливан и диаспору. В Российской империи и СССР фамилия встречается редко, в основном среди потомков выходцев из Западной Армении.

Интересная деталь: в отличие от многих армянских фамилий на -ян, которые образованы от простых имён (например, Петросян — от Пётр), Анахатунян сохраняет архаичный двусоставный корень с теофорным элементом. Это указывает на то, что имя-основа могло быть не просто личным, а родовым или прозвищным, связанным с культом Анаит. Споров о происхождении фамилии почти нет — она прозрачна для армянской ономастики, и все версии сходятся на том, что перед нами патроним от имени, которое когда-то несли предки.