Фамилия Анепагноп — редчайший случай в русской ономастике, и её происхождение почти наверняка искусственное, книжное, а не народное. В ней нет ни одного привычного славянского суффикса (-ов, -ин, -ский), а основа выглядит как транслитерация греческого слова. Скорее всего, перед нами семинарская фамилия, которую давали в духовных училищах и академиях Российской империи.

В основе лежит греческое «αναπαγνω» (anapagno) — «читать вслух», «разбирать написанное». Полная форма «Анепагноп» — это родительный падеж множественного числа от причастия «читающий» (буквально: «из числа читающих»). Фамилии такого типа (форма родительного падежа со значением принадлежности к группе) встречались среди выпускников духовных семинарий: например, Анестет («нечувствующий»), Аперитос («неописуемый») или Адамантин («алмазный»). Преподаватели-грецисты нередко переводили характер или способности ученика на древний язык и закрепляли это в фамилии.

Вероятно, предок носителя фамилии Анепагноп был чтецом — либо в церковном хоре, либо в учебном заведении. Семинарские фамилии часто отражали должность: «Анепагноп» мог получить отличник, которого ставили читать тексты перед классом, или, наоборот, ученик, которого заставляли перечитывать одно и то же. Поскольку фамилия образована от глагола в форме множественного числа, она могла означать «из тех, кто читает», подчёркивая коллективную роль — например, принадлежность к кругу чтецов при храме.

Географически такие фамилии встречаются в центральных губерниях России (Московская, Тверская, Ярославская, Рязанская), где были сильные духовные семинарии. Однако Анепагноп настолько редка, что её носители могли происходить из одной конкретной школы — например, из Киевской или Московской духовной академии, где греческая словесность преподавалась особенно глубоко. Фамилия не подверглась русификации, поэтому её форма сохранилась в исходном книжном виде, что и делает её уникальной: в ней застыл кусочек учебной программы XIX века.