Фамилия Аниханова — женская форма, её мужской вариант Аниханов образован по распространённой модели с суффиксом -ов, присоединённым к основе. Основа — прозвище или имя Анихан, и его разбор сразу даёт ключ к происхождению.

Первая часть, «Ани», — это усечённая форма одного из имён: Иоанн (в бытовом произношении Иван) или, реже, Аникий (в народе звучавшее как Аника). Вторая часть, «хан», — тюркский титул, означающий правителя, владыку. В русских фамилиях такие «титульные» компоненты встречаются, но они редко указывают на реальное родство с ханами. Чаще это прозвище, данное человеку за властный, гордый нрав, за внешнее сходство с восточным вельможей или за службу в татарских землях. В XVI–XVII веках, когда русские фамилии только складывались, «ханом» могли прозвать и простого крестьянина, и служилого человека.

Анихан — это прозвище, сложенное из уменьшительного имени Аня (от Иван или Аникий) и «титула». Буквально его можно перевести как «Иван-хан» или «Аника-хан». Сын такого человека автоматически становился Анихановым. Фамилия могла возникнуть в среде, где были сильны тюркские влияния — например, в бывших татарских ханствах (Казанском, Астраханском) или на южных рубежах России, где русское население активно контактировало с кочевыми народами.

Фамилия Аниханов не очень распространена. Она встречается в Поволжье, на Урале и в Сибири — регионах, где исторически смешивались славянские и тюркские языки. В отличие от фамилий на -ин (типа Анишин), которые прямо указывают на принадлежность к матери («чей сын?»), суффикс -ов в Аниханове подчёркивает патронимический характер: «сын Анихана». Поскольку прозвище Анихан не является крестильным именем, фамилия относится к числу «мирских», то есть образованных от бытового прозвища, а не от церковного святца.

Если сравнивать с однокоренными, то Аниханов стоит в одном ряду с фамилиями Аниканов, Аничкин, Анишин. Но в них, в отличие от Аниханова, нет «титульного» компонента, что делает нашу фамилию более редкой по словообразованию. Она — живое свидетельство того, как в одном прозвище могли ужиться русское имя и восточный титул, отразив сложную историю межэтнических контактов.