Фамилия Аниханов — редкий случай, когда написание расходится с произношением, и это сразу даёт ключ к разгадке. На слух фамилия звучит как «Аниканов» или «Ониканов», и именно так её чаще всего искажают при записи. Однако буква «х» в корне не случайна: она указывает на основу «Анихан», которая восходит к тюркскому составному имени Ан-хан или Ани-хан. Первая часть может означать «сознание», «память» (от тюркского «ан») либо быть вариантом имени Ануш (сладкий, приятный). Вторая часть «хан» — титул правителя, который в составе личных имён в прошлом был распространён у многих народов, включая татар, башкир, казахов и народов Кавказа, и не обязательно указывал на знатное происхождение — скорее на пожелание силы или уважения.

Суффикс -ов стандартно указывает на патроним: Аниханов буквально означает «сын Анихана» или «потомок Анихана». Если бы фамилия писалась как Аниканов, она легко возводилась бы к крестильному имени Иоанникий (в просторечии Аника) — греческому имени, означающему «победитель». Но форма именно через «х» отсылает именно к тюркскому, а не к православному календарю. В русских говорах, особенно на севере и в Поволжье, фамилии с корнем «Аних-» встречаются, но редко; чаще попадаются однокоренные Анихины, Анихаевы.

Фамилия не принадлежит к числу дворянских и не фиксируется в старых родословных книгах — это поздняя крестьянская или мещанская фамилия, скорее всего, оформившаяся в XIX веке, когда крепостным крестьянам массово давали фамилии по отцу. Географически Анихановы чаще встречаются в Татарстане, Башкортостане и Оренбуржье — регионах, где веками жили тюркские народы в соседстве с русскими. Возможно, предок носителя фамилии был крещёным татарином или башкиром, взявшим фамилию по отцу-мусульманину. Написание через «х» — не ошибка, а точная запись исходного имени, которую стоит сохранять, чтобы не потерять след в истории рода.