Фамилия Аннишинец — редкий случай, когда в основе лежит не мужское имя или прозвище, а отчество, образованное от женского имени. Корень здесь — Анниша, просторечная западнорусская и украинская форма имени Анна. В говорах Анна превращалась в Анюту, Нюру, Анку, а в диалектах к западу от Москвы — в Аннишу. Суффикс -инец указывает на принадлежность: Аннишинец буквально означает «сын Анниши» или «человек из рода Анниши». Это не фамилия по отцу, а матримониальная модель, которая закреплялась в ситуациях, когда мать играла ключевую роль в семье — при вдовстве, ранней смерти отца или рождении ребёнка вне брака. В крестьянской среде такое прозвище могло возникнуть в одном конкретном селе и долго не выходить за его пределы.

Географически фамилия тяготеет к западнорусским губерниям (Витебская, Могилёвская, Минская) и украинскому Полесью, где суффикс -инец типичен для местных фамилий: ср. Ковалинец, Василинец. Окончание -ец добавляет уменьшительно-притяжательный оттенок — не уничижительный, а скорее указывающий на молодость или подчинённое положение первого носителя. В отличие от массовых фамилий на -ов/-ев, Аннишинец сохраняет индивидуальную историю: он фиксирует не родовое имя деда, а имя конкретной женщины, чей статус в семье был достаточным, чтобы дать прозвище потомкам.

Другие версии происхождения маловероятны. Попытки связать фамилию с польским annisz (анютины глазки) или тюркским корнем выглядят натяжкой: словообразовательная цепочка Анна → Анниша → Аннишинец прозрачна и не требует экзотических объяснений. Фамилия не знатная, не дворянская — её носители были крестьянами или мещанами. И поныне она встречается точечно, в основном на западе Беларуси и в прилегающих областях России, куда переселялись в XIX–XX веках. Это редкий ономастический артефакт, который хранит память о реальной женщине, чьё имя стало родовым.