Фамилия Аннишинец — редкий пример, когда в основе лежит не имя или прозвище, а отчество, образованное от женского имени. Корень здесь — Анниша, просторечная форма имени Анна. В русских говорах имена часто усекали или смягчали: Анна превращалась в Анюту, Нюру, Анку, а в западнорусских и украинских диалектах — в Аннишу. Суффикс -инец указывает на принадлежность: Аннишинец буквально означает «сын Анниши» или «человек из рода Анниши».

Такая модель — отчество от женского имени — нечаста, но встречается в ситуациях, когда мать играла ключевую роль в семье: вдовство, ранняя смерть отца или рождение ребёнка вне брака. В крестьянской среде это давало прозвище, которое потом закреплялось как фамилия. Поэтому первые носители Аннишинец, скорее всего, жили в западнорусских губерниях (Витебская, Могилёвская, Минская) или на украинском Полесье, где суффикс -инец типичен для фамилий (ср. Ковалинец, Василинец).

Окончание -ец добавляет уменьшительно-притяжательный оттенок, но не уничижительный — скорее указывает на молодость или подчинённое положение предка. В отличие от фамилий на -ов/-ев, которые массово давали по отцу, Аннишинец сохраняет индивидуальную историю: он мог возникнуть в одном конкретном селе и долго не выходить за его пределы. Географически фамилия редкая и поныне встречается точечно — в основном на западе Беларуси и в прилегающих областях России, куда переселялись в XIX–XX веках.

Других версий происхождения, кроме как от Анниши, практически нет. Попытки связать её с польским annisz (анютины глазки) или с тюркским корнем выглядят натяжкой: словообразовательная цепочка Анна → Анниша → Аннишинец прозрачна и не требует экзотических объяснений. Фамилия не знатная, не дворянская — её носители были крестьянами или мещанами, и в этом её ценность: она хранит память о реальной женщине, чьё имя стало родовым.