Фамилия Антишкина — женская форма, мужской вариант — Антишкин. Её разгадка начинается с суффикса -ин, который в центральных и северных русских говорах отвечал на вопрос «чей?»: сын или потомок Антишки. В этих регионах -ин был таким же распространённым патронимическим показателем, как -ов на юге и западе.

Корень фамилии ведёт к имени Антип. В народной речи оно часто звучало как Антипка, а уменьшительная форма с суффиксом -к- дала «Антипка». Дальнейшее смягчение или диалектное произношение превратило его в «Антишка». Чередование п/ш здесь не случайно: в русских говорах звук [п] перед мягким [к] иногда переходил в [ш] — так же, как в словах «лапка» и «лапша». Таким образом, Антишка — ласкательное или пренебрежительное прозвище от Антип.

Менее вероятна связь с редким греческим именем Антиох или диалектным словом «антышка» (насекомое, мошкара). Первая версия надёжнее: церковное имя Антип было широко распространено среди крестьян, и его производные встречаются в документах XVII–XVIII веков. Фамилия Антишкин зафиксирована в Вологодской, Костромской и Архангельской губерниях — регионах, где сохранялось старое произношение и где -ин долго оставался живым суффиксом принадлежности.

Носитель фамилии Антишкин — скорее всего, потомок человека по имени Антип, которого в быту звали Антишка. Сословного барьера фамилия не имела: её могли носить крестьяне, мещане и духовенство, но чаще она встречалась среди сельских жителей. Встречаемость невысокая, что говорит о локальном происхождении — фамилия не разошлась широко, а осталась в тех же северных и северо-восточных уездах, где когда-то жил её первый носитель.