Фамилия Антишкина — женская форма, мужской вариант которой Антишкин. В основе лежит имя или прозвище, а суффикс -ин указывает на принадлежность: «чей?» — сын или потомок Антишки. Это типичная модель для центральных и северных регионов России, где -ин конкурирует с -ов.

Корень фамилии восходит к имени Антип, которое в народной речи часто звучало как Антипка. Уменьшительная форма с суффиксом -к- дала «Антипка», а дальнейшее смягчение или диалектное произношение могло превратить его в «Антишка». Чередование п/ш здесь не случайно: в русских говорах звук [п] перед мягким [к] иногда переходил в [ш] — так же, как в словах «лапка» и «лапша». Таким образом, Антишка — это ласкательное или пренебрежительное от Антип.

Менее вероятна, но возможна связь с редким греческим именем Антиох или с диалектным словом «антышка» (насекомое, мошкара), однако первая версия надёжнее: церковное имя Антип было распространено среди крестьян, и его производные встречаются в документах XVII–XVIII веков. Фамилия Антишкин зафиксирована в Вологодской, Костромской и Архангельской губерниях — регионах, где сохранялось старое произношение.

Носитель фамилии Антишкин, скорее всего, потомок человека по имени Антип, которого в быту звали Антишка. Сословного барьера фамилия не имела: её могли носить и крестьяне, и мещане, и духовенство, но чаще она встречалась в среде сельских жителей. Встречаемость фамилии невысокая, что говорит о её локальном происхождении.