Фамилия Апексеенко — яркий пример украинской фамилии, образованной по модели, характерной для Левобережной Украины. Её основа — имя Апексей, которое является народной, диалектной формой канонического имени Алексий (в просторечии — Алексей). Фонетическое изменение «л» в «п» в украинских говорах встречается, хоть и не повсеместно: слово «алмаз» могло звучать как «палмаз», а имя «Олекса» — переходить в «Апекса». Таким образом, Апексеенко буквально означает «сын Апексея», то есть потомок человека, которого в быту звали Апексей.

Суффикс -енко — один из самых распространённых в украинской антропонимии. В XVI–XVII веках он выполнял роль отчества, указывая на прямую родственную связь: если отца звали Апексей, то его сын записывался как Апексеенко. Со временем, после закрепления фамилий в XVIII–XIX веках, это отчество перестало осознаваться как «сыновний» маркер и превратилось в родовое имя, передаваемое по наследству. В отличие от великорусских фамилий на -ов/-ев, украинские фамилии на -енко почти не имеют сословных ограничений: их носили и крестьяне, и казаки, и мещане.

Географически фамилия Апексеенко тяготеет к Сумской, Полтавской и Харьковской областям Украины, а также к приграничным районам России (Белгородская, Курская области), откуда в XIX веке происходили активные миграции. Встречается она и в других регионах, но с заметно меньшей частотой. Важно отметить, что написание с двумя «е» (Апексеенко) — нормативное для украинской орфографии; в русских документах XIX века можно встретить варианты Апексиенко или даже Опексеенко, что отражает колебания в передаче безударных гласных.

Редкость фамилии в том, что её основа — нестандартная. Большинство фамилий от имени Алексей образуются через формы Алексеенко, Алексеев, Лещенко, Лесевич. Апексеенко же сохранила редкую диалектную черту — замену начального «л» на «п», что для ономастики является ценным свидетельством живой народной речи. Носитель такой фамилии, скорее всего, происходит из среды, где имя Алексей произносили как Апексей, — из крестьянской или казацкой среды юго-восточной Украины.