Фамилия Апексеенко — один из тех случаев, когда написание прямо указывает на живую народную речь. Её основа — имя Апексей, диалектная форма канонического Алексий (в просторечии Алексей). В украинских говорах изредка встречается замена начального «л» на «п»: как «алмаз» могло звучать «палмаз», так и «Олекса» переходило в «Апекса». Буквально фамилия означает «сын Апексея», то есть потомок человека, которого в быту звали Апексей.

Суффикс -енко в XVI–XVII веках выполнял роль отчества на Левобережной Украине: если отца звали Апексей, сына записывали как Апексеенко. После закрепления фамилий в XVIII–XIX веках это отчество перестало осознаваться как «сыновний» маркер и превратилось в родовое имя. В отличие от великорусских фамилий на -ов/-ев, украинские фамилии на -енко почти не имели сословных ограничений: их носили крестьяне, казаки и мещане.

Географически фамилия тяготеет к Сумской, Полтавской и Харьковской областям Украины, а также к приграничным районам России (Белгородская, Курская области), откуда в XIX веке происходили активные миграции. В других регионах встречается заметно реже. Написание с двумя «е» (Апексеенко) — нормативное для украинской орфографии; в русских документах XIX века можно встретить варианты Апексиенко или Опексеенко, что отражает колебания в передаче безударных гласных.

Редкость фамилии в том, что её основа — нестандартная. Большинство фамилий от имени Алексей образуются через формы Алексеенко, Алексеев, Лещенко, Лесевич. Апексеенко же сохранила редкую диалектную черту — замену начального «л» на «п», что для ономастики является ценным свидетельством живой народной речи. Носитель такой фамилии, скорее всего, происходит из крестьянской или казацкой среды юго-восточной Украины, где имя Алексей произносили как Апексей.