Фамилия Аперсян — яркий пример армянской модели фамилии, образованной с помощью патронимического суффикса -ян (вариант -янц). Этот суффикс в армянском языке означает «из рода» или «принадлежащий», то есть Аперсян — потомок человека, которого звали или прозывали Аперс. Основа фамилии, Аперс, — это не каноническое армянское имя, а скорее всего прозвище или адаптация иноязычного имени.

Самая вероятная версия происхождения прозвища Аперс — от тюркского слова «апар» или «апер», что в ряде тюркских языков означает «сильный», «могучий», «богатырь». В армянской среде, долгое время жившей в тесном контакте с тюркскими народами, такие заимствования в прозвищах были обычным делом. Менее вероятна, но возможна связь с арабским именем Аббас (лев, суровый) через искаженное произношение, или с персидским «афар» (творить, созидать). Поскольку фамилия редкая и не имеет массового распространения, можно предположить, что её носители происходят из одного локального рода, возможно, из западноармянских областей или региона, где было сильно тюркское влияние.

Словообразовательная модель проста: основа Аперс + суффиксальный формант -ян, образующий фамилию второго поколения. В русском языке фамилия закрепилась в форме Аперсян, без изменений окончания, что типично для армянских фамилий, которые не склоняются по падежам в мужском роде (хотя в бытовой речи иногда склоняют). Среди армянских фамилий это редкий случай, когда основа не восходит к христианскому имени (Григорян, Арутюнян) или названию ремесла (Варданян от «вардан» — ремесленник), а к прозвищу с тюркским корнем. По сословному признаку предки Аперсян могли быть свободными крестьянами или ремесленниками, но не знать — армянские княжеские фамилии (с суффиксом -уни или -янц) имеют другую структуру. В ономастических справочниках эта фамилия не зафиксирована широко, что говорит о её локальном бытовании.