Фамилия Аперсян построена по классической армянской модели: к основе Аперс добавлен патронимический суффикс -ян. В армянском языке этот суффикс указывает на происхождение — «из рода такого-то». Иными словами, Аперсян — это потомок человека по имени или прозвищу Аперс.

Сама основа Аперс — не каноническое армянское имя. Скорее всего, это прозвище, и самая вероятная версия связывает его с тюркскими языками. В ряде тюркских наречий слова «апар» или «апер» означают «сильный», «могучий», «богатырь». Для армянской среды, веками соседствовавшей с тюркскими народами, такие заимствования в прозвищах — обычное дело. Менее убедительны гипотезы о связи с арабским именем Аббас (лев) через искажённое произношение или с персидским «афар» (творить). Поскольку фамилия редкая и не имеет массового распространения, её носители, вероятно, происходят из одного локального рода, возможно, из западноармянских областей или региона с сильным тюркским влиянием.

Словообразовательная модель проста: основа плюс суффикс. В русском языке фамилия закрепилась в форме Аперсян и не склоняется по падежам в мужском роде, что типично для армянских фамилий. Среди них это редкий случай, когда основа восходит не к христианскому имени (Григорян, Арутюнян) или названию ремесла (Варданян), а к прозвищу с тюркским корнем. По сословному признаку предки Аперсян могли быть свободными крестьянами или ремесленниками — армянские княжеские фамилии имеют другую структуру (суффиксы -уни или -янц). В ономастических справочниках фамилия не зафиксирована широко, что подтверждает её локальное бытование.