Фамилия Апканиев — редкий случай, когда тюркская основа «спрятана» за русским патронимическим суффиксом. Сразу главное: фамилия образована по модели «тюркское имя + -ев», что типично для народов Поволжья, Приуралья и Кавказа, вошедших в состав Российской империи. Суффикс -ев указывает на принадлежность («чей?»), то есть Апканиев — потомок человека по имени Апканий.

Самая вероятная версия происхождения основы — от татарского или башкирского имени Апкан (вариант Апкаш). В тюркских языках «ап» может означать «ловкий», «умелый», «охотник», а в некоторых диалектах — «медведь». Имя Апкан было неканоническим, доисламским или параллельным мусульманскому. Под влиянием русской документации к основе Апкан добавился суффикс -ий (Апканий), что превратило имя в форму, удобную для склонения и фамильного оформления.

Менее вероятная, но возможная версия — связь с арабским словом «афкан» (ложь, клевета), но в качестве прозвища это маловероятно из-за отрицательного значения. Также не стоит путать фамилию с кавказскими фамилиями на -ев, образованными от «апка» (в некоторых языках — «дверь» или «засов»), — это другая словообразовательная линия.

Географически фамилия Апканиев встречается в Татарстане, Башкортостане и среди татарской диаспоры в Оренбургской и Челябинской областях. В дореволюционных метрических книгах она фиксировалась с конца XIX века, что говорит о позднем закреплении — типичная история для нерусских фамилий, которые оформились при переписях и паспортизации.

Сравнение с однокоренными фамилиями (Апканов, Апкашев) показывает, что Апканиев — более редкий вариант, где основа получила дополнительный звук -ий. Это могло произойти случайно при записи или быть сознательным «обрусением» имени для лучшей адаптации в русскоязычной среде.