Фамилия Апхаликова — редкая и неочевидная по происхождению. Её основа, суффикс и география бытования заставляют отбросить стандартные шаблоны и искать корни не в славянском имени, а в тюркском или кавказском прозвище.

Словообразовательная модель здесь — суффикс -ов(-а), самый распространённый в русских фамилиях, но прикреплённый к основе, которая не имеет прямых аналогов в древнерусском именослове. Основа «Апхалик» явно не от крестильного имени (в святцах такого нет) и не от славянского прозвища. Наиболее вероятная версия: фамилия происходит от тюркского или кавказского личного имени Апхалик (или Апхали). В тюркских языках «ап» может означать «отец», «предок», а «халик» — «творец», «создатель» (арабского корня, но прочно вошедшее в тюркскую ономастику). Таким образом, имя могло означать «отец-творец» или «предок-создатель» — почтительное, сакральное прозвище.

Вторая версия, менее вероятная, но имеющая право на существование: связь с адыгским (черкесским) именем Апха, где «апх» означает «белый» или «светлый», а суффикс -лик мог быть уменьшительным или притяжательным. В таком случае Апхаликова — «дочь светлого» или «принадлежащая к роду Белого». Эта версия объясняет возможное бытование фамилии в среде кавказских народов, принявших православие и получивших русское окончание -ов.

Географически фамилия Апхаликова встречается в рассеянном виде — единичные носители есть в Краснодарском крае, в Адыгее, а также в центральной России (что характерно для фамилий, принесённых переселенцами или отставными солдатами). Массового скопления в одном регионе нет, что говорит о недавнем (XVIII–XIX века) закреплении фамилии и её локальном, а не родовом распространении.

Ударение, скорее всего, ставится на второй слог — Апха́ликова, что типично для фамилий с тюркской основой, где ударение падает на долгий гласный в корне. Никаких известных исторических деятелей или дворянских родов с такой фамилией не зафиксировано — это фамилия крестьянского или казачьего происхождения, возникшая в среде смешанных этнических контактов.