Фамилия Апхаликова — редкая и неочевидная по происхождению. Её основа, суффикс и география бытования заставляют отбросить стандартные шаблоны и искать корни не в славянском имени, а в тюркском или кавказском прозвище. В отличие от большинства русских фамилий, которые образованы от крестильных имён или прозвищ, здесь мы имеем дело с более сложной историей.

Словообразовательная модель — суффикс -ов(-а), самый распространённый в русских фамилиях, указывает на принадлежность («чей?»). Но прикреплён он к основе «Апхалик», которая не имеет прямых аналогов в древнерусском именослове. В святцах такого имени нет, и славянских корней у него тоже не видно. Наиболее вероятная версия: фамилия происходит от тюркского или кавказского личного имени Апхалик (или Апхали). В тюркских языках «ап» может означать «отец», «предок», а «халик» — «творец», «создатель» (арабского корня, но прочно вошедшее в тюркскую ономастику). Имя могло означать «отец-творец» или «предок-создатель» — почтительное, сакральное прозвище, которое давали человеку с высоким статусом или уважаемому старейшине.

Вторая версия, менее вероятная, но имеющая право на существование, связывает фамилию с адыгским (черкесским) именем Апха, где «апх» означает «белый» или «светлый», а суффикс -лик мог быть уменьшительным или притяжательным. Тогда Апхаликова — «дочь светлого» или «принадлежащая к роду Белого». Эта версия объясняет возможное бытование фамилии в среде кавказских народов, принявших православие и получивших русское окончание -ов. Оба варианта указывают на то, что предок носителя фамилии был не славянином, а представителем тюркского или кавказского народа, чьё имя или прозвище позже русифицировали.

Географически фамилия Апхаликова встречается в рассеянном виде — единичные носители есть в Краснодарском крае, в Адыгее, а также в центральной России. Такая разбросанность характерна для фамилий, принесённых переселенцами или отставными солдатами в XVIII–XIX веках. Массового скопления в одном регионе нет, что говорит о недавнем закреплении фамилии и её локальном, а не родовом распространении. Скорее всего, фамилия возникла в среде смешанных этнических контактов — на южных границах России, где тюркские и кавказские имена легко получали русское окончание. Никаких известных исторических деятелей или дворянских родов с такой фамилией не зафиксировано: это фамилия крестьянского или казачьего происхождения. Ударение, скорее всего, ставится на второй слог — Апха́ликова, что типично для фамилий с тюркской основой, где ударение падает на долгий гласный в корне.