Фамилия Апнепине — один из тех редких случаев, когда написание настолько необычно, что сразу наводит на мысль об искажении при переписи. В русской ономастике нет устоявшейся модели, которая бы породила такую форму естественным путём. Скорее всего, перед нами не оригинальная русская фамилия, а результат адаптации иноязычной фамилии или прозвища.

Разберём словообразовательную модель. В русских фамилиях суффикс «-ин» указывает на принадлежность: «чей?» — «Апнепин». Окончание «-е» в «Апнепине» — это не суффикс, а падежное окончание (предложный падеж: «говорить об Апнепине»). В именительном падеже фамилия должна звучать как Апнепин. Если же носитель настаивает на форме Апнепине, это почти наверняка фамилия нерусского происхождения, которую записали на слух так, как услышали, и не склоняют по правилам.

Корень «Апнеп» не имеет славянских параллелей. Можно предположить, что это искажённая форма от прибалтийской или финно-угорской основы. Например, в эстонском или финском языке есть слова, начинающиеся на «Apne-», связанные с дыханием или водой (ср. эст. «apnoe» — остановка дыхания). Но более вероятно, что фамилия восходит к немецкому или еврейскому имени. В немецком языке есть фамилия Appenheimer (от названия города Аппенхайм), которая при записи в русских документах могла сократиться до Аппен… и далее до Апнеп. При этом суффикс «-ин» могли добавить по аналогии с русскими фамилиями, посчитав, что основа оканчивается на согласный.

Другая версия — опечатка или ошибка писаря. Если исходная фамилия была, скажем, Аппельгрин или Аппендикс, то при плохом почерке и последующей машинописи буквы могли слиться в «Апнепине». Единичные случаи таких трансформаций встречаются в метрических книгах XIX века, особенно в западных губерниях Российской империи, где пересекались польские, немецкие и русские канцелярские традиции.

Географически фамилия Апнепине (в форме Апнепин) встречается крайне редко, преимущественно в центральных областях России, что косвенно подтверждает версию о случайном происхождении: носители, скорее всего, потомки одного человека, чью фамилию записали с ошибкой. Определить сословную принадлежность предков по такой фамилии невозможно — она не даёт указаний ни на ремесло, ни на место жительства. Единственное, что можно сказать с уверенностью: это не крестьянская фамилия, образованная от имени или прозвища, а скорее канцелярский артефакт, закрепившийся в документах.