Фамилия Апнепине — один из тех редких случаев, когда само написание подсказывает, что перед нами не исконно русская форма, а, скорее всего, канцелярский артефакт или результат адаптации иноязычного имени. В русской ономастике нет модели, которая породила бы такую основу естественным путём.

Сначала разберёмся с формой. Если это русская фамилия, то в именительном падеже она должна звучать как Апнепин: суффикс «-ин» указывает на принадлежность («чей?» — Апнепин). Окончание «-е» в «Апнепине» — это падежное окончание предложного падежа («говорить об Апнепине»). Если же носитель настаивает на неизменяемой форме Апнепине, это почти наверняка фамилия нерусского происхождения, которую записали на слух так, как услышали, и не склоняют по правилам.

Корень «Апнеп» не имеет славянских параллелей. Самая правдоподобная версия — искажение при переписи. Если исходная фамилия была, скажем, немецкой Appenheimer (от названия города Аппенхайм), то при записи в русских документах она могла сократиться до Аппен… и далее до Апнеп. Суффикс «-ин» могли добавить по аналогии с русскими фамилиями, посчитав, что основа оканчивается на согласный. Другая возможность — опечатка: при плохом почерке писаря буквы в фамилии вроде Аппельгрин или даже Аппендикс могли слиться в «Апнепине». Единичные случаи таких трансформаций встречаются в метрических книгах XIX века, особенно в западных губерниях, где пересекались польские, немецкие и русские канцелярские традиции.

Менее вероятна, но допустима версия о финно-угорской основе. В эстонском или финском есть слова, начинающиеся на «Apne-», связанные с дыханием или водой (ср. эст. «apnoe» — остановка дыхания). Однако для такой гипотезы нет прямых доказательств.

Географически фамилия Апнепин (именно в этой форме) встречается крайне редко, преимущественно в центральных областях России. Это косвенно подтверждает версию о случайном происхождении: носители — потомки одного человека, чью фамилию записали с ошибкой. Определить сословную принадлежность предков по такой фамилии невозможно — она не даёт указаний ни на ремесло, ни на место жительства. Единственное, что можно сказать с уверенностью: это не крестьянская фамилия, образованная от имени или прозвища, а скорее канцелярский артефакт, закрепившийся в документах.