Фамилия Апокорейн — редкий случай, когда в основе лежит не прозвище, не ремесло и не имя, а топоним, причём иноязычный. Ключ к разгадке — вторая часть «-рейн», которая прямо указывает на реку Рейн (Rhein). Первая часть «Апо-» — это, скорее всего, искажённое немецкое «Ober-» (верхний). То есть Апокорейн — «человек с Верхнего Рейна» или «выходец с Рейна». В немецкой ономастике фамилии на -reyn, -rein, -rhein давали переселенцам, указывая на их географическое происхождение.

Словообразовательная модель здесь не русская, а западноевропейская: фамилия не получила славянского суффикса (-ов, -ин, -ский), а осталась в форме, близкой к исходному названию. Это говорит о том, что носитель фамилии или его предки попали в Российскую империю уже с готовой фамилией, не адаптированной местными окончаниями. Такое часто встречалось среди немецких колонистов, которых приглашали в Россию при Екатерине II, а также среди еврейского населения, получавшего фамилии при переписях на территориях, отошедших от Речи Посполитой.

Версия о немецком колонисте подкрепляется тем, что в Поволжье и Причерноморье существовали целые колонии выходцев из прирейнских земель. Фамилия могла возникнуть как прозвание «Апокорейн» — «тот, кто пришёл с Оберрейна» (Oberrhein). Со временем звук «б» в «обер» мог перейти в «п» под влиянием устной речи или канцелярской ошибки. Спорных моментов здесь немного. Основной — глухой звук «п» в начале. Если бы фамилия писалась «Оберрейн» или «Оберейн», происхождение было бы очевидным. Но «Апокорейн» — это, скорее всего, запись на слух, сделанная русским чиновником или писарем, который не был знаком с немецкой фонетикой. В пользу этого говорит и сохранение окончания -ейн, а не переход в -ин, что типично для фамилий, записанных с голоса в XIX веке.

По сословной принадлежности предки Апокорейн с высокой вероятностью были либо колонистами-земледельцами, либо ремесленниками из немецких поселений. В дворянских родословных книгах эта фамилия не встречается, что косвенно подтверждает «низовое» происхождение — от крестьян или мещан. География бытования фамилии сегодня крайне узкая: единичные носители встречаются в России и странах бывшего СССР, что типично для фамилий, принесённых одной семьёй переселенцев.