Фамилия Апопий — редкая, и её происхождение неочевидно. Скорее всего, она имеет искусственное, книжное происхождение, а не образована от бытового прозвища или профессии. В основе лежит имя или прозвище Апоп, которое может восходить к древнеегипетскому мифологическому имени Апоп (Апофис) — гигантского змея, олицетворяющего хаос и тьму. Вряд ли предок был назван в честь злого божества напрямую, но в духовных училищах и семинариях в XVIII–XIX веках было принято давать ученикам «благозвучные» фамилии, образованные от имён античных богов, героев или библейских персонажей. Так, Апопий мог получить выпускник, которому придумали фамилию по мотивам египетской мифологии — например, как намёк на силу или древность.

Суффикс -ий в фамилии Апопий типичен для фамилий латинизированного типа, которые часто встречались у духовенства. Сравните: Платонов — Платонский, Аполлов — Аполловий. То есть Апопий — это не просто «сын Апопа» (как было бы с -ов), а «принадлежащий Апопу» или «относящийся к Апопу». Такая форма подчёркивает книжность и отстранённость от крестьянского быта. Если бы фамилия возникла в народной среде, она, скорее всего, звучала бы как Апопов или Апопин.

Другая, менее вероятная версия — связь с греческим словом «апоплос» (ἀπόπλους — отплытие, отъезд) или с диалектным прозвищем, но лингвистических подтверждений этому нет. Также возможно, что Апопий — это русифицированная форма украинской или белорусской фамилии Апопа, где -ий добавили уже при переезде в русскоязычную среду, но и это единичные случаи.

Географически фамилия встречается крайне редко, в основном на юге России и в бывших малороссийских губерниях, что косвенно подтверждает её возможное семинарское происхождение: духовные школы там были многочисленны, и фамилии выпускников нередко отличались вычурностью. Сословно предки Апопиев почти наверняка принадлежали к духовенству — либо священники, либо дьячки и псаломщики. Среди дворян или купцов эта фамилия не зафиксирована.

Таким образом, основная версия: фамилия Апопий — искусственная, семинарская, образованная от древнего мифологического имени Апоп с помощью суффикса -ий, указывающего на принадлежность. Носитель такой фамилии, скорее всего, потомок священнослужителя, получившего её при поступлении в училище за «красивое» звучание или как напоминание о древности.