Фамилия Апойцева — редкий случай, когда в основе лежит не имя, не профессия и не внешняя черта, а географическое название. Её ядро — топоним Апойцы. Такое название (вероятно, от балтийского или славянского корня со значением «вода», «река» или «топь») встречается в западных регионах бывшей Российской империи, особенно на территории современной Беларуси и восточной Польши. Фамилию образовали по стандартной модели: к названию места жительства прибавили суффикс принадлежности -ев- (в форме женского рода -ева). Таким образом, Апойцева буквально значит «(женщина) из рода того, кто родом из Апойцев» или «жительница Апойцев». Мужской вариант — Апойцев.

Суффикс -ев- указывает, что фамилия сложилась в среде, где преобладала великорусская модель образования фамилий (в отличие от украинских -енко или польских -ский). Однако сама основа «Апойц-» — не русская. Скорее всего, предок носителя фамилии был выходцем из западнорусских земель (сейчас это Беларусь или Подляшье), который переселился в центральную или восточную Россию. Там его прозвали по прежнему месту жительства: «Апойцев» — то есть «тот, кто из Апойцев». Фамилия закрепилась в форме притяжательного прилагательного, что типично для XVI–XVII веков, когда крестьяне и служилые люди получали фамилии по названию деревни.

В написании «Апойцева» обращает на себя внимание буква «й». В русской орфографии топонимы с -ойц- встречаются редко (сравните фамилию Войцеховский, но там другая основа). Такое сочетание звуков скорее характерно для польского или белорусского языка, где «ój» произносится как «уй». Возможно, исходное название звучало как «Апойцы» (польск. Apojce) или «Апойці» (белорусск.). В русской передаче «й» сохранили, что говорит о поздней фиксации фамилии в документах — уже после того, как письменная форма сложилась.

Фамилия очень редкая. Её носители, скорее всего, были крестьянами или мещанами, так как дворянские фамилии чаще образовывались с суффиксом -ский и имели документально закреплённую форму. Апойцевы — это люди, чей предок запомнился не своим ремеслом или именем, а местом, откуда пришёл. По сути, фамилия — это географическая метка, которая сохранилась даже после того, как само название деревни могло исчезнуть или измениться.