Фамилия Апшенакова — женская форма, образованная от фамилии Апшенаков. С точки зрения словообразования это типичная «семейная» модель с суффиксом -ов: она указывает на принадлежность предку по мужской линии, то есть буквально отвечает на вопрос «чьи?» — жена или дочь Апшенакова.

Корень фамилии — Апшенак — вызывает вопросы у этимологов. В нём сразу бросается в глаза редкое для русских фамилий сочетание «пш» в начале слова. В исконно русской лексике «пш» встречается (пшено, пшеница), но фамилии от этих слов образуются иначе: Пшеничников, Пшеницын. Апшенаков звучит как форма, адаптированная на русской почве из другого языка — скорее всего, тюркского или кавказского.

Само прозвище Апшенак можно разложить на составные части. Первая часть «апш-» может восходить к тюркскому «апш» или «абш» — «повар», «стряпуха». Либо к кавказскому корню «апш» (апсуа) — «душа» у абхазов. Вторая часть «-енак» — распространённый уменьшительно-ласкательный суффикс в тюркских языках. Он встречается, например, в фамилиях Айтенаков, Коженаков. Таким образом, Апшенак могло означать либо «маленький поварёнок», либо «душенька» — ласковое обращение. Точное значение без привязки к конкретному языку (кумыкский, карачаево-балкарский, ногайский) определить сложно.

География фамилии подсказывает её происхождение. По открытым данным, носители фамилии Апшенаковы (и Апшенакова) сосредоточены в республиках Северного Кавказа и Закавказья — в Кабардино-Балкарии, Карачаево-Черкесии, Ставропольском крае. Это подтверждает версию о тюркском или кавказском корне. Предки первых Апшенаковых, скорее всего, были горцами, получившими фамилию по имени или прозвищу родоначальника. В XIX веке при переписях и выдаче паспортов такие прозвища часто русифицировали, добавляя типичное окончание -ов.

Фамилия Апшенакова не встречается среди старинных дворянских родов и не фиксируется в дореволюционных справочниках по Российской империи. Это фамилия более позднего оформления, характерная для народов, вошедших в состав России в XVIII–XIX веках. Необычный звуковой ряд делает её заметной, но при этом она остаётся сравнительно редкой.