Фамилия Апшанакова звучит для русского уха необычно, и это сразу подсказывает её происхождение: она тюркская или кавказская. В русском языке фамилия оформлена по классической модели с суффиксом -ов, который указывает на принадлежность («чей?»), и окончанием -а, обозначающим женский род. Мужской вариант — Апшанаков.

Основа фамилии — имя или прозвище Апшанак. Наиболее вероятная версия возводит его к тюркскому слову «апшак» или «апшанак». В некоторых тюркских языках (например, в алтайском или хакасском) «апшак» означает «старик», «старец», «дед». В этом случае Апшанак — это не имя в современном понимании, а прозвище, данное уважаемому старшему в роду, мудрецу или просто пожилому человеку. Такие прозвища были распространены в кочевых обществах, где возраст и опыт ценились очень высоко. Со временем прозвище закрепилось за потомками как родовое имя, а затем и фамилия.

Есть и другая, менее распространённая версия. В карачаево-балкарском языке есть слово «апшана» — «кладбище». Апшанаком могли назвать человека, жившего рядом с кладбищем или связанного с погребальными обрядами. Однако эта гипотеза кажется менее правдоподобной для прозвища, которое передаётся детям, — такие основы обычно избегали.

Словообразовательная модель фамилии типична для многих народов Северного Кавказа и Сибири, попавших под влияние русской административной системы в XIX–XX веках. Фамилии на -ов в этих регионах часто образовывались от местных имён и прозвищ, которые в оригинале могли заканчиваться на согласный или гласный. В данном случае Апшанак + русский патронимический суффикс -ов дали фамилию.

Географически фамилия Апшанакова (и Апшанаков) чаще всего встречается в Хакасии, на Алтае, а также среди карачаевцев и балкарцев. Встречается она и у казахов, хотя реже. Это говорит о том, что предки носителя фамилии, скорее всего, были скотоводами, охотниками или воинами из тюркоязычного племени, а сама фамилия хранит память о родовом старейшине, которого в народе уважительно называли «дедом» — Апшанаком.