Фамилия Аптечникова — женская форма, а её основа, мужская фамилия Аптечников, прямо указывает на занятие предка. Корень здесь — «аптечник», то есть владелец аптеки или работник аптекарского дела. Само слово «аптека» проникло в русский язык ещё в XVI веке, но как фамилия Аптечников закрепилась, скорее всего, в XVIII–XIX столетиях. Именно тогда аптечное дело в России стало строго регламентированной профессией: открыть аптеку мог только специалист, сдавший экзамен и получивший разрешение от Медицинской коллегии.

Суффикс в этой фамилии заслуживает отдельного разбора. В отличие от более распространённого варианта Аптекарев (с суффиксом -арь и типичным -ов), здесь мы видим цепочку -ник-ов. Модель образования проста: от существительного «аптечник» (человек по роду деятельности) добавили патронимический суффикс -ов. Такая схема характерна для фамилий посадских людей и мещан: Кузнецов (от кузнец), Плотников (от плотник), Мельников (от мельник). Аптечников стоит в этом же ряду, но с важным отличием: профессия аптекаря была гораздо более редкой и статусной, чем, скажем, кузнечное или плотницкое ремесло. Она требовала специального образования, а в России XVII–XVIII веков аптечное дело часто находилось в руках приглашённых иноземцев — немцев, голландцев, англичан.

Поэтому первый носитель фамилии, вероятно, был не просто торговцем снадобьями, а владельцем частной аптеки или её управляющим. В крестьянской среде эта фамилия почти не встречалась: аптекари относились к городскому сословию — купечеству, мещанству или разночинцам. Аптечниковы — это, скорее всего, потомки городских жителей, возможно, выходцев из Западной Европы, которые обрусели и приняли фамилию по профессии. В дореволюционных документах фамилию могли писать через «ять» на конце — Аптечниковъ, но это чисто орфографическая особенность, не меняющая значения.

Географически фамилия редкая, встречается точечно. Основные очаги — центральные регионы России (Москва, Тверь, Ярославль) и Поволжье, где в XIX веке было особенно много частных аптек. Ударение в фамилии падает на второй слог: Апте́чникова. Если искать однокоренные варианты, то Аптекарев и Аптекарский — это тот же корень, но с другими суффиксами, указывающими на иные пути образования: от прозвища или от прилагательного.