Фамилия Аптечникова — женская форма фамилии Аптечников, а та, в свою очередь, принадлежит к группе «профессиональных» фамилий, образованных от названия занятия. В основе лежит слово «аптечник» — владелец аптеки или аптекарский работник. В русском языке слово «аптека» известно с XVI века, но как фамилия Аптечников закрепилась, скорее всего, в XVIII–XIX веках, когда аптечное дело стало регламентированной профессией.

Обратим внимание на суффикс. В отличие от более частого -ов/-ев (Аптекарев), здесь используется -ник- и затем -ов. Это указывает на то, что фамилия образована от существительного с суффиксом -ник, обозначающего лицо по роду деятельности («аптечник»). Такая модель типична для фамилий, возникших в среде посадских людей и мещан: Кузнецов (от кузнец), Плотников (от плотник), Мельников (от мельник). Аптечников стоит в этом же ряду, но с той разницей, что профессия аптекаря была более редкой и статусной, требовала специального образования и часто была связана с иноземцами (немцами, голландцами), которых приглашали в Россию.

Вероятно, первый носитель фамилии был не просто торговцем лекарствами, а владельцем частной аптеки или управляющим. В крестьянской среде эта фамилия почти не встречалась: аптекари относились к городскому сословию, купечеству или разночинцам. Поэтому Аптечниковы — это, скорее всего, потомки городских жителей, возможно, выходцев из Западной Европы, обрусевших и принявших фамилию по профессии.

Географически фамилия редкая, встречается точечно. Основные очаги — центральные регионы России (Москва, Тверь, Ярославль) и Поволжье, где в XIX веке было много частных аптек. Ударение в фамилии — на второй слог: Апте́чникова. В дореволюционных документах могла писаться через «ять» (Аптечниковъ), что не меняет значения. Если искать однокоренные фамилии, то Аптекарев и Аптекарский — это варианты того же корня, но с разными суффиксами, указывающими на иные пути образования: от прозвища или от прилагательного.