Фамилия Апупей — редкая и необычная по звучанию. Её происхождение напрямую связано с диалектным словом «апупей», которое в некоторых южнорусских и украинских говорах означало «глупый, простоватый человек, дурачок». Слово это, в свою очередь, восходит к корню «пуп» — в народной речи пупок считался центром тела, а «апупей» могло быть ироничным обозначением человека, зацикленного на себе или «пузатого», но основное значение закрепилось за умственной недалекостью. Таким образом, фамилия образовалась от прозвища, данного предку за особенности характера или поведения.

Модель образования — чисто русская, без суффикса: основа «апупей» сама по себе стала фамилией. Это так называемая «окаменевшая» форма прозвища, которая не менялась при переходе в фамилию. Такие случаи встречаются реже, чем фамилии на -ов/-ев, и характерны для прозвищ, которые воспринимались как цельное слово, а не производное от имени.

В официальных документах фамилия почти не встречается. Она не фиксируется в известных боярских книгах, ревизских сказках центральных губерний или в списках казачьих войск. Единичные носители, судя по современным данным, живут на юге России и в восточных областях Украины. Это подтверждает диалектное происхождение слова: именно в этих регионах бытовала лексема «апупей». В северных и центральных говорах её не знали.

Сравнение с похожими фамилиями — Пупов, Пупышев, Апупов — показывает, что все они восходят к тому же корню «пуп». Но Апупей стоит особняком: если Пупов — это «сын Пупа» (от прозвища Пуп), то Апупей — это прямое сохранение исходного прозвища. Версия о связи с тюркскими корнями маловероятна: ни в одном из тюркских языков нет близкого по звучанию слова со значением, которое могло бы стать личным именем или прозвищем.

Социальный контекст прозвища ясен: его давали не из уважения. Носитель фамилии, скорее всего, происходил из крестьянской или мещанской среды, где прозвища были меткими и не всегда лестными. В XVIII–XIX веках такое прозвище могли записать в церковной метрике как фамилию, и оно закрепилось за потомками. Сегодня фамилия звучит архаично и редко, что делает её своеобразным маркером локальной диалектной традиции.