Фамилия Арафтений образована от имени собственного и относится к распространенному типу украино-белорусских фамилий. Основой фамилии Арафтений послужило церковное имя Арефий. Скорее всего, фамилия Арафтений представляет собой одну из диалектных форм имени Арефий, которое имеет спорное происхождение. Согласно другой гипотезе, это имя восходит к греческому слову, имеющему значение «доблестный, добродетельный». Согласно другой версии, в основе этой фамилии лежит слово «араф» - «чистилище (у мусульман)», либо Арафат (священный холм около Мекки, место проведения главного обряда хаджа). Таким образом, потомок человека, обладающего именем Арефий, со временем получил фамилию Арафтений. О точном месте и времени возникновения фамилии Арафтений в настоящее время говорить сложно, поскольку процесс формирования фамилий был достаточно длительным. Тем не менее, фамилия Арафтений представляет собой замечательный памятник славянской письменности и культуры.