Фамилия Арафтение — одна из тех, в которых народное произношение исказило книжную форму имени до неузнаваемости. В основе, скорее всего, лежит каноническое мужское имя Арефий (от греческого aretē — «доблесть», «добродетель»). Но в украинской и белорусской среде, где «ф» часто заменяли на «хв» или вовсе переставляли звуки, имя Арефий могло превратиться в Арафтий, а затем — в Арафтений.

Фамилия образована по той же модели, что и многие фамилии на -ий: от разговорной формы имени (Арафтий) к фамилии, указывающей на прямого потомка («чей сын?» — «Арафтениев», со временем потерявшее окончание). Суффикс -ен- здесь не уменьшительный, а скорее соединительный, характерный для украинской и белорусской народной этимологии: так «Арефий» дольше звучал как «Арафтений», а не отрывался от корня.

Другие версии — от арабского «арафат» (холм в Мекке) или «араф» (чистилище у мусульман) — маловероятны. Фамилия бытовала в православных, а не в мусульманских регионах, и явно привязана к святцам. Имя Арефий носил, например, святой Арефа Печерский, что укрепляет версию о церковном происхождении.

Географически фамилия привязана к западнорусским землям (современная Украина, Беларусь, юго-запад России). Встречается она редко, что говорит о локальном бытовании: вероятно, предки жили в одном селе или местечке, где имя Арефий в устах местных диалектов превратилось в Арафтений и закрепилось за целым родом.