Скорее всего, фамилия Арафтений представляет собой одну из диалектных форм имени Арефий, которое имеет спорное происхождение. Согласно другой гипотезе, это имя восходит к греческому слову, имеющему значение «доблестный, добродетельный». Согласно другой версии, в основе этой фамилии лежит слово «араф» - «чистилище (у мусульман)», либо Арафат (священный холм около Мекки, место проведения главного обряда хаджа). Таким образом, потомок человека, обладающего именем Арефий, со временем получил фамилию Арафтений.