Фамилия Ардыковский — яркий пример «семинарской» фамилии, то есть искусственно созданной в духовных училищах и академиях. Её основа — латинский глагол ardeo («горю, пылаю»). Такие фамилии давали воспитанникам семинарий в качестве своеобразной награды или характеристики: Ардыковский, скорее всего, означает «пылающий» — то есть усердный, блестящий в учёбе, горящий стремлением к знаниям. Латинский корень указывает на книжное, а не бытовое происхождение, что отличает эту фамилию от огромного пласта русских фамилий, образованных от прозвищ или названий ремёсел.

Суффикс -ский — типичный для фамилий польской и западнорусской шляхты, но в среде русского духовенства его активно использовали для придания фамилии «благородного» звучания. Так из латинского слова, через семинарскую традицию, и родилась фамилия Ардыковский.

Существует и другая, менее вероятная версия — от киргизского слова «ардык» («обида, неудовольствие, жалоба»). В этом случае фамилия могла бы произойти от прозвища Ардык, которое дали ранимому, обидчивому человеку. Однако тюркская этимология сталкивается с серьёзным препятствием: фамилии на -ский крайне редко образуются от прямых тюркских прозвищ в русской среде. Кроме того, в фамилии отчётливо слышна латинская основа ard-, а не тюркская ardyk-. Поэтому версия с семинарским происхождением выглядит гораздо убедительнее.

Интересно, что если бы фамилия образовывалась по обычной русской модели от слова «ардык», мы бы получили форму Ардыков. Суффикс -ский в данном случае — дополнительный маркер того, что перед нами не уличное прозвище, а сознательное, «кабинетное» творение, что окончательно подтверждает его искусственное происхождение.