Фамилия Арфеева образована от мужского личного имени Арфей — просторечной, народной формы канонического имени Арефий. Такое переосмысление имени в быту — частое явление: непривычное для русского уха сочетание звуков меняли на более удобное и привычное. Так Арефий превращался в Арфея, а его дети записывались уже как Арфеевы.

Происхождение самого имени Арефий спорно. По одной версии, оно восходит к греческому слову со значением «доблестный», «добродетельный». По другой — имеет более древние корни, которые сегодня проследить сложно. В любом случае, имя это было редким и не получило широкого распространения, а значит, и фамилия Арфеева встречается нечасто.

Суффикс -ев указывает на типичную русскую модель образования фамилий: «чей?» — Арфеев, то есть сын или потомок Арфея. Такая форма в XIX веке закрепилась за крестьянскими и мещанскими родами. Скорее всего, основатель рода Арфеевых был человеком из простого сословия — крестьянином или ремесленником, а не дворянином. Фамилия не содержит приставок или суффиксов, указывающих на знатное происхождение.

Примечательная деталь: в старых документах фамилию могли записывать и через «о» — Орфеев, что связано с акающим произношением в некоторых говорах. Такое колебание написания встречается у фамилий, образованных от редких имён, — единого стандарта в приходских книгах часто не было. Поэтому у Арфеевых могли быть дальние родственники, носившие фамилию Орфеевы, хотя корень у них общий.