Фамилия Арсэн — пример того, как имя, пришедшее из глубокой древности, меняло звучание и форму в разных языках. В основе фамилии лежит мужское крестильное имя Арсений. С древнегреческого оно переводится как «мужественный», «сильный», «смелый». Святым покровителем имени считается преподобный Арсений Комельский, игумен Троице-Сергиевой лавры.

В русской традиции фамилии на -ов/-ев образовывались от полной формы имени: Арсений → Арсеньев. Фамилия Арсэн пошла другим путём. Она закрепилась в форме, близкой к армянскому произношению этого имени — Арсэн. На армянском слово «азганун» означает имя клана, и фамилия Арсэн вписалась в эту модель как родовое имя, передаваемое по мужской линии. То есть перед нами не адаптация через русский суффикс, а фиксация имени в том виде, в каком оно бытовало в армянской среде.

Это редкий случай, когда фамилия сохранила не славянскую словообразовательную модель, а иноземное звучание основы. Носители фамилии Арсэн — потомки тех, кого в церковных записях могли называть Арсений, но в быту и в документах имя писалось и звучало как Арсэн. Сословной привязки у фамилии нет: её могли носить и крестьяне, и горожане, и духовенство. Географически фамилия тяготеет к регионам, где исторически были сильны армянские общины, — юг России, Закавказье, но встречается и за их пределами.