Фамилия Арулин — редкая и морфологически прозрачная. Её суффикс -ин указывает на образование от имени или прозвища, оканчивавшегося на -а/-я. Иначе говоря, предка могли звать Аруля. Вопрос в том, что стояло за этим именованием.

Самая вероятная версия ведёт к каноническому имени Арий (от греч. Ἄρειος — «посвящённый Аресу»). В народной традиции такие имена часто укорачивали и «смягчали» суффиксами: Арий → Аря → Аруля. В пользу этого говорит и география: фамилия встречается в центральных и южных регионах России, где имя Арий, хоть и редко, бытовало в среде духовенства и крестьян до XVIII века.

Вторая версия — от прозвища Аруля, связанного с диалектным словом «аруль» или «аруля». В некоторых говорах так называли нерасторопного, вялого человека (от «ареть» — медлить, мешкать). Однако это слово почти не зафиксировано в письменных источниках, поэтому версия с именем выглядит убедительнее.

Фамилия могла возникнуть независимо в разных сословиях. У крестьян — как отчество от мирского имени Аруля, а у священников — как семинарская фамилия, образованная от латинизированной формы имени Арий (Arius). Такие «книжные» фамилии на -ин встречались у выпускников духовных училищ, но для Арулина это лишь гипотеза.

Однокоренных фамилий немного: Арулев, Арульский. Встречается также написание Аруллин (с удвоенной «л») — возможно, под влиянием татарских или финно-угорских фамилий, но для русского ономастикона это скорее исключение.