Фамилия Атахаджаев — характерный пример тюрко-персидского имясложения, распространённого в Средней Азии, прежде всего в Узбекистане и Таджикистане. Её основа — сложное личное имя Атахаджа, которое собирают из двух уважительных компонентов: «ата» (тюрк. «отец», «предок», а в именах — «господин», «старший») и «хаджа» (арабско-персидское «господин», «хозяин», а в исламском контексте — «паломник», совершивший хадж). Получается имя-титул вроде «почтенный господин» или «старший паломник».

Русский суффикс -ев присоединили к основе, оканчивающейся на «а»: так тюркские и персидские имена адаптировали под российскую паспортную систему. Фамилия буквально означает «потомок Атахаджи». Появилась она в официальных документах во времена Российской империи, когда коренное население Туркестана получало фамилии по отцу, заменив исконный среднеазиатский формант (узбекский -евич или таджикский -зода).

Интересная деталь: в отличие от фамилий, где «хаджа» указывает на реальное паломничество, в имени Атахаджа этот компонент мог быть просто почтительным титулом. И «ата» здесь не обязательно биологический отец — в тюркской антропонимии это слово часто входило в имена, данные в честь деда или уважаемого старейшины рода. Поэтому версия «господин-предок» или «старший господин» для носителя имени правдоподобнее буквального «отец-паломник».

Географически фамилия плотнее всего представлена в Узбекистане — Ташкентской, Самаркандской и Ферганской областях, а также среди узбекских и таджикских общин в соседних странах. Встречается написание с «ъ» (Атахаджаев), отражающее арабский айн в слове «хадж», но в русской транскрипции твёрдый знак обычно опускают.

Родственные фамилии — Атаханов (от имени Атахан, где «хан» — титул), Хаджаев (от более простого имени Хаджа) и Атаев (от имени Атай). Атахаджаев стоит в этом ряду как трёхчленный антропоним, где уважительные компоненты нанизаны друг на друга, создавая имя-титул.