Фамилия Атханов — редкий случай, когда разбор начинается не с корня, а с суффикса. Она образована по модели фамилий на -ов, но её основа, Атхан, выглядит как усечённая или адаптированная форма, что указывает на нерусское происхождение. Скорее всего, это фамилия тюркского или кавказского корня, где -ов — русский патронимический суффикс, добавленный при интеграции носителей в русскую культуру (например, в XIX веке при переписях или военной службе).

Основа «Атхан» распадается на две части: «ат» и «хан». В тюркских языках «ат» означает «имя», «слава» или «лошадь» (в зависимости от диалекта), а «хан» — титул правителя, князя. Самый прямой перевод — «хан имени» или «славный хан», но это скорее личное имя-пожелание, чем прозвище. Встречается и другая версия: от казахского или татарского имени Атхан, где «ат» — конь, то есть «конный хан» или «всадник-правитель». В любом случае, исходное имя Атхан — составное, типичное для тюркской ономастики, где к титулу или статусу добавляли уточняющий корень.

Географически фамилия Атханов сегодня встречается в России в основном среди татар, башкир и народов Северного Кавказа (например, у чеченцев или ингушей). В дореволюционных записях её почти нет — это говорит о том, что фамилия поздняя, возможно, закрепилась в советское время, когда многие нерусские семьи получили официальные фамилии через добавление -ов. Связь с сословием не прослеживается: Атхановы могли быть и крестьянами, и служилыми людьми, так как имя «хан» не обязательно указывало на знатность — в тюркских именах оно часто было просто формой уважения.

Сравнение с однокоренными фамилиями даёт ключ к пониманию. Если Атханов — от «ат» + «хан», то есть параллели: Атанов (от «ата» — отец), Атнагулов (от «атна» — неделя), или даже Атласов (от «атлас» — ткань). Но фамилия Атханов стоит особняком из-за редкого сочетания корней. Спорных версий немного: иногда её ошибочно связывают с арабским «атхан» (два), но это не находит подтверждения — в тюркских языках числительные не образуют личных имён в такой форме. Правдоподобнее всего версия с тюркским именем Атхан, которое после русификации дало фамилию, сохранившую память о степных корнях предка.