Фамилия Аткочайтис звучит как типичная литовская фамилия, и её разумнее всего разбирать, опираясь на литовскую ономастику. В основе, скорее всего, лежит литовское слово atkaita — «солнцепёк, припёк». Прозвище могли дать человеку, жившему на открытом, хорошо освещённом солнцем месте, или тому, кто работал под палящим солнцем. Суффикс -айтис — один из самых распространённых в литовских фамилиях, он указывает на происхождение или принадлежность. То есть буквально Аткочайтис — «сын (или потомок) того, кого прозвали Аткоча (Солнцепёк)».

Хотя фамилия звучит по-литовски, носители встречаются и за пределами современной Литвы. В Книгах памяти есть запись: Аткочайтис Иосиф Антонович, 1891 года рождения, из деревни Мелашинки (Литва), литовец (источник — Книга памяти Калининской области). Эта запись ценна тем, что связывает фамилию с конкретной местностью и подтверждает её литовское происхождение.

В литовской традиции фамилии на -айтис часто образовывались от прозвищ, описывающих черты характера, внешность или место жительства. Вариант с «солнцепёком» — самый прямой, но не единственный. Теоретически можно было бы связать основу с глаголом atkaitinti (раскалять, накалять), что дало бы прозвище вспыльчивому или горячему человеку. Однако версия с географическим признаком — «живущий на солнцепёке» — выглядит правдоподобнее: такие прозвища давали чаще, чем психологические характеристики.

Фамилия редкая и почти не встречается за пределами балтийского региона. Её уникальность в том, что она сохранила чистую литовскую модель словообразования, не адаптированную под славянские суффиксы (вроде -ов или -ин). Если бы носитель переехал в русскоязычную среду, фамилия могла бы остаться в исходной форме или, реже, превратиться в Аткочайтисов.